阿托品有外周抗胆碱能、中枢神经系统及其他副作用，外周抗胆碱能副作用包括眼部瞳孔散大、眼压升高，腺体分泌减少致口干、汗腺分泌减少影响体温调节，心血管系统小剂量短暂心率减慢、较大剂量心率加快；中枢神经系统治疗剂量有轻度兴奋症状，剂量增加可现严重兴奋症状；其他副作用有皮肤潮红、胃肠道蠕动减慢致便秘等。
1.外周抗胆碱能副作用
眼部：使用阿托品可能引起瞳孔散大、眼压升高。这是因为阿托品阻断了虹膜括约肌上的M受体，导致瞳孔扩大，同时阻碍房水回流，使眼压上升。对于患有青光眼的患者，这种眼压升高可能会加重病情，因为青光眼患者的房水引流本来就存在障碍，而阿托品进一步影响了房水的正常循环。
腺体分泌减少：会使唾液分泌减少，导致口干，这是比较常见的副作用之一。在儿童中，由于唾液分泌减少，可能会影响口腔的自洁作用，增加龋齿的发生风险。同时，汗腺分泌减少可能导致体温调节功能受到一定影响，在炎热环境下，儿童等体温调节能力相对较弱的人群更容易出现体温升高的情况，因为无法通过出汗有效散热。
心血管系统：小剂量阿托品可使部分患者心率短暂性轻度减慢，这是由于阿托品阻断了副交感神经对心脏的抑制作用，但这种作用往往是短暂的；较大剂量时则可引起心率加快，这是因为阿托品阻断了心脏窦房结M受体，解除了迷走神经对心脏的抑制。对于有基础心血管疾病的患者，如冠心病患者，心率加快可能会增加心肌耗氧量，诱发心绞痛等心血管事件。
2.中枢神经系统副作用
兴奋症状：在治疗剂量时，阿托品可能引起轻度的中枢神经系统兴奋症状，表现为烦躁、不安、呼吸加快等。儿童的中枢神经系统对阿托品更为敏感，较小剂量就可能出现明显的兴奋表现，如婴幼儿使用阿托品后可能出现哭闹、易激惹等情况。随着剂量的增加，可能会出现幻觉、谵妄甚至惊厥等较严重的中枢兴奋症状。对于有神经系统基础疾病的儿童，如癫痫患儿，使用阿托品时更需谨慎，因为中枢兴奋可能诱发癫痫发作。
3.其他副作用
皮肤反应：部分患者可能出现皮肤潮红等反应，这是由于阿托品引起外周血管扩张所致。在儿童中，皮肤潮红可能需要密切观察，尤其是对于有先天性心脏病等血液循环系统疾病的儿童，外周血管扩张可能会影响其血液循环状态。
胃肠道反应：可能引起胃肠道蠕动减慢，导致便秘等情况。对于老年人等本身胃肠道功能较弱的人群，便秘可能会加重原有消化系统疾病的症状，如诱发肠梗阻等。
