巧克力囊肿的药物治疗以抑制异位内膜增殖、缓解症状为主要目标，常用药物包括促性腺激素释放激素激动剂、孕激素类药物、非甾体抗炎药及复方口服避孕药，具体需根据患者年龄、症状严重程度及生育需求个体化选择。
一、促性腺激素释放激素激动剂（GnRH-a）：通过持续抑制垂体促性腺激素分泌，降低雌激素水平，使异位内膜萎缩，常用药物包括亮丙瑞林、戈舍瑞林等。适用于中重度症状、囊肿较大或需术前缩小病灶的患者，通常每28天注射1次，疗程3～6个月。需注意治疗期间可能出现潮热、阴道干涩等低雌激素症状，长期使用者建议补充钙剂预防骨量流失。
二、孕激素类药物：通过补充孕激素抑制异位内膜增殖，常用药物有地屈孕酮、甲羟孕酮等。适用于轻中度症状、无生育要求或有生育需求但药物敏感的患者，可连续服用3～6个月。部分患者可能出现月经紊乱、乳房胀痛等不良反应，服药期间建议定期监测子宫内膜厚度。
三、非甾体抗炎药：如布洛芬、萘普生等，主要通过抑制前列腺素合成缓解痛经、盆腔痛等症状，仅适用于短期对症治疗，无法缩小囊肿。需注意避免长期服用，有胃肠道溃疡、出血倾向者慎用，建议餐后服用以减少胃肠刺激。
四、复方口服避孕药：通过抑制排卵减少雌激素刺激，间接控制异位内膜生长，适用于无血栓风险、有避孕需求的患者。常用药物如屈螺酮炔雌醇片，需按周期规律服用，服药期间可能出现乳房胀痛、点滴出血等初期反应，多数可自行缓解。
五、特殊人群用药提示：儿童患者应优先选择生活方式调整（如规律作息、适度运动），避免激素类药物；孕妇及哺乳期女性禁用激素类药物，以手术治疗为主要方案；肝肾功能不全者需在医生指导下调整药物剂量，监测肝肾功能指标；有血栓病史或家族史的患者禁用复方口服避孕药。
药物治疗需在妇科医生指导下进行，定期复查超声评估囊肿大小及症状变化，必要时结合手术治疗。
