功能性胃肠病的病因尚未完全明确，目前认为是多因素共同作用的结果，主要涉及胃肠动力异常、内脏高敏感性、脑肠轴调控失衡、心理社会因素、肠道菌群失调及饮食因素等，这些因素相互作用影响疾病发生。
一、生理因素
胃肠动力异常是重要病因之一，部分患者存在胃排空延迟、胃窦十二指肠协调运动障碍，或肠道推进性蠕动减慢（便秘型）、加快（腹泻型）；内脏高敏感性表现为胃肠道感觉神经末梢对刺激的敏感性升高，即使正常刺激也引发不适或疼痛；脑肠轴调控失衡涉及中枢神经系统对胃肠功能的调节失常，如慢性应激时脑肠肽水平改变，影响胃肠感觉、动力和分泌功能。
二、心理社会因素
焦虑、抑郁等情绪障碍与功能性胃肠病密切相关，约30%-50%患者存在情绪问题，情绪可通过脑肠轴影响胃肠功能；慢性压力（如工作压力、生活事件）导致自主神经紊乱，诱发胃肠症状；神经质人格者更易患病，其情绪调节能力弱，易形成“症状-焦虑-症状加重”的恶性循环。
三、肠道菌群与微生态因素
肠道菌群结构异常是重要诱因，功能性胃肠病患者常出现双歧杆菌、乳酸杆菌等有益菌减少，大肠杆菌等条件致病菌增加；菌群代谢产物（如短链脂肪酸）不足削弱肠道屏障功能，诱发肠道高敏感性；急性肠道感染后部分患者菌群长期紊乱，可能残留胃肠症状，形成持续性功能性胃肠病。
四、饮食与生活方式因素
食物不耐受（如乳糖不耐受）或敏感可诱发症状，摄入后刺激肠道引发腹胀、腹泻等；不良饮食习惯（如暴饮暴食、高油高糖饮食）打乱胃肠节律，导致动力紊乱和敏感性增加；缺乏运动（久坐、体力活动不足）使胃肠蠕动减慢，易出现便秘、腹胀，而规律运动可改善症状。
低龄儿童应避免摄入辛辣、刺激性食物，饮食需规律；老年人群因胃肠功能自然衰退，更需保持饮食均衡、避免生冷硬食物；女性受激素水平波动影响，经期前后更易出现胃肠症状，需注意情绪调节和腹部保暖。
