一、进行性延髓（球）麻痹易与重症肌无力、多发性肌炎、脊髓灰质炎后遗症、假性延髓麻痹、肉毒中毒等疾病混淆，鉴别需结合病史、体征及辅助检查。
二、重症肌无力：自身免疫性神经-肌肉接头疾病，症状具波动性（晨轻暮重），新斯的明试验阳性可明确诊断，肌电图示神经-肌肉接头传递障碍。年轻女性为高发群体，合并胸腺瘤时需警惕，其咽反射多存在，与进行性延髓麻痹的下运动神经元损伤（咽反射消失、肌萎缩）不同。
三、多发性肌炎：以对称性近端骨骼肌无力为核心，血清肌酸激酶（CK）等肌酶显著升高，肌电图呈肌源性损害，病理可见肌纤维变性伴炎症细胞浸润。中青年人群多见，病程中无明显延髓肌选择性萎缩，而进行性延髓麻痹以延髓肌下运动神经元损伤为主，肌萎缩分布局限。
四、脊髓灰质炎后遗症：有幼年脊髓灰质炎感染史，遗留肢体弛缓性瘫痪及肌萎缩，延髓受累罕见，病程稳定无进展。其肢体瘫多不对称，与进行性延髓麻痹的慢性进展性、延髓肌为主的表现差异显著，需结合既往病史鉴别。
五、假性延髓麻痹：由双侧皮质延髓束病变（如脑卒中、脑肿瘤）引起，表现为构音障碍、吞咽困难、强哭强笑，咽反射存在，下颌反射亢进。老年患者多见，有脑血管病或脑外伤史，与进行性延髓麻痹的下运动神经元损伤（咽反射消失、肌萎缩）及无明确脑损伤病史的特点相鉴别。
六、肉毒中毒：急性起病，有进食发酵食品、罐头等高风险食物史，以颅神经麻痹（复视、吞咽困难）、肢体无力为特征，神经电生理示传导阻滞，肉毒毒素检测阳性可确诊。其急性病程与进行性延髓麻痹的慢性进展差异显著，且有明确中毒诱因。
特殊人群提示：老年患者需警惕合并脑梗死、肿瘤等导致的假性延髓麻痹；儿童患者若有发热、肢体无力史，需排除脊髓灰质炎后综合征；吞咽困难患者易发生误吸，应早期评估营养支持方式；长期使用免疫抑制剂者需注意感染风险，及时排查肉毒中毒等急性中毒。
