四妙丸目前无明确普遍公认严重副作用，临床使用中胃肠道方面部分人可现不适、过敏反应极少数人会有、孕妇需医生严格评估后谨慎用、儿童一般不建议自行服需遵医嘱、老年人因多基础病且肝肾功能减退使用需密切观察身体反应。
胃肠道方面
部分患者在服用四妙丸后可能出现胃肠道不适，如胃脘部不适、轻度腹痛、腹泻等。这可能与药物的成分对胃肠道的刺激有关。不同个体的胃肠道敏感程度不同，一些胃肠道功能较弱的人群相对更易出现此类情况。比如本身患有慢性胃炎、胃溃疡等基础胃肠道疾病的患者，在服用四妙丸后，药物中的某些成分可能会进一步刺激胃黏膜，导致原有胃部不适症状加重或引发新的胃肠道反应。
过敏反应
极少数患者可能对四妙丸中的某些成分过敏，表现为皮肤瘙痒、皮疹、红斑等过敏症状。过敏反应的发生与个体的过敏体质有关。例如有明确药物过敏史的人群，在使用四妙丸时，机体免疫系统可能将药物成分识别为过敏原，从而引发过敏反应。一旦出现过敏症状，应立即停药，并采取相应的抗过敏治疗措施。
特殊人群需谨慎
孕妇：孕妇属于特殊人群，由于孕期身体的特殊性，服用四妙丸可能会对胎儿产生潜在影响，虽然目前尚无确切的大规模临床研究表明一定会导致不良妊娠结局，但为了安全起见，孕妇应在医生的严格评估下谨慎使用四妙丸，医生会权衡用药的利弊后再决定是否开具该药物。
儿童：儿童的身体机能尚未发育完全，对药物的代谢和耐受能力与成人不同。目前关于儿童使用四妙丸的安全性和有效性的临床研究相对较少，所以一般不建议儿童自行服用四妙丸，若有需要，必须在医生的指导下，严格按照儿童的体重、年龄等因素调整剂量后谨慎使用。
老年人：老年人往往伴有多种基础疾病，同时肝肾功能可能有所减退，药物在体内的代谢过程会受到影响，服用四妙丸后发生不良反应的风险可能相对较高。因此老年人使用四妙丸时也需要密切观察身体反应，如出现不适需及时就医调整用药。
