四妙丸使用中可能出现胃肠道反应如恶心呕吐腹痛腹泻等尤其是胃肠道功能弱者易出现；少数体质敏感者可能发生过敏反应如皮肤瘙痒皮疹红斑严重可致过敏性休克；目前无大规模长期研究表明正常剂量服用会明显损害肝肾但超量或肝肾不全时可能加重负担使用应遵医嘱特殊人群如孕妇儿童更需谨慎孕妇用可能影响胎儿儿童因肝肾未发育全需在医生指导下严格控量观察。
胃肠道反应
部分患者在服用四妙丸后可能出现胃肠道不适，如恶心、呕吐、腹痛、腹泻等。这是因为四妙丸中的某些成分可能对胃肠道黏膜产生一定刺激，尤其是本身胃肠道功能较弱的人群，如老年人、有慢性胃炎病史者等，更易出现此类反应。老年人胃肠道功能随年龄增长而减退，对药物的耐受性和适应性降低；有慢性胃炎病史者胃黏膜本身存在一定损伤，药物刺激更易引发胃肠道不适。
过敏反应
少数体质敏感的人群可能对四妙丸中的药物成分发生过敏反应，表现为皮肤瘙痒、皮疹、红斑，严重者可能出现过敏性休克等严重过敏症状。过敏反应的发生与个体的特异性体质有关，不同性别、年龄的人群都有可能发生，但过敏体质者相对更易出现。例如有青霉素等其他药物过敏史的人群，在使用四妙丸时发生过敏的风险可能相对较高。
肝肾功能影响
目前尚无大规模长期临床研究明确表明正常剂量服用四妙丸会对肝肾功能造成明显损害，但在超剂量服用或本身存在肝肾功能不全的情况下，可能会加重肝肾功能负担。肝肾功能不全者本身肝肾功能已处于相对较弱状态，药物代谢和排泄主要通过肝肾进行，此时服用四妙丸可能影响肝肾正常功能；老年人肝肾功能逐渐衰退，也需谨慎使用，密切关注肝肾功能变化。
在使用四妙丸时，应严格按照医嘱用药，注意自身身体反应，若出现上述不适症状应及时就医。特殊人群如孕妇、儿童等使用时需更加谨慎，孕妇使用可能对胎儿产生影响，儿童由于其生理特点，肝肾功能尚未发育完全，应避免随意使用四妙丸，必须使用时需在医生指导下，严格控制剂量并密切观察。
