扎冲十三味丸副作用尚不十分明确，临床使用中可能有消化系统不适、神经系统头晕头痛、过敏反应等情况，特殊人群中孕妇禁用，哺乳期妇女慎用，老年人因肝肾功能减退易现副作用，儿童一般不建议用，如需用需严格遵医嘱且密切观察反应。
消化系统方面：可能引起胃肠道不适，如恶心、呕吐、腹痛、腹泻等。这是因为药物中的某些成分可能对胃肠道黏膜产生刺激作用，不同个体对药物的耐受程度不同，部分人可能更容易出现此类消化系统反应。对于有胃肠道基础疾病的患者，如胃炎、胃溃疡等，使用后可能会加重原有病情，因为药物的刺激可能破坏胃肠道黏膜的屏障功能，影响胃肠道的正常消化和吸收功能。
神经系统方面：少数患者可能出现头晕、头痛等症状。药物的成分可能通过影响神经系统的代谢或传导等过程，导致神经系统的功能异常。老年人由于神经系统功能相对较弱，对药物的敏感性可能更高，出现头晕、头痛等神经系统副作用的风险可能相对增加。而儿童由于神经系统发育尚未完全成熟，使用该药物时更应谨慎，需密切观察是否出现神经系统相关的异常表现。
过敏反应方面：个别人可能对扎冲十三味丸中的某些成分过敏，从而出现皮疹、瘙痒、皮肤红肿等过敏症状。过敏反应的发生与个体的过敏体质有关，有药物过敏史的人群使用该药物时，发生过敏的可能性会大大增加。在使用过程中，一旦出现过敏相关症状，应立即停药，并采取相应的抗过敏治疗措施。
特殊人群方面，孕妇禁用扎冲十三味丸，因为药物可能会通过胎盘影响胎儿的生长发育，甚至导致流产等严重后果；哺乳期妇女使用时也需谨慎，药物可能会通过乳汁传递给婴儿，对婴儿产生未知的影响；老年人由于肝肾功能有所减退，药物的代谢和排泄能力下降，更容易出现副作用，所以在使用时应严格遵循医嘱，密切监测身体状况；儿童由于各器官功能尚未发育完善，对药物的耐受性和反应与成人不同，一般不建议使用扎冲十三味丸，如需使用必须在医生的严格指导下进行，且要密切观察用药后的反应。
