玛卡可能存在多种副作用，包括对神经系统可致部分人头晕、头痛，老年人和神经系统敏感的年轻人更易出现；对内分泌系统会干扰激素水平，女性及有内分泌基础疾病者受影响更明显；对消化系统可引起恶心、呕吐等不适，有胃肠道基础疾病者易诱发；个别人群会过敏，儿童及有食物过敏史者更易发生过敏反应。
有研究发现，部分人在食用玛卡后可能出现神经系统方面的不适，例如头晕、头痛等症状。这可能与玛卡中某些成分对神经系统的刺激有关，但具体机制还需进一步深入研究。从年龄因素来看，老年人由于身体各器官功能逐渐衰退，对玛卡中成分的代谢和耐受能力下降，相对更易出现神经系统相关的副作用；而年轻人如果本身神经系统较为敏感，也可能较容易出现头晕、头痛等情况。
对内分泌系统的干扰
玛卡可能会对内分泌系统产生一定干扰。有临床观察发现，长期大量食用玛卡可能影响激素水平，比如对于女性，可能会影响雌激素、孕激素等的平衡，进而导致月经周期紊乱等问题；对于男性，可能影响雄激素等的水平。从性别角度，女性由于内分泌系统相对更为细腻复杂，受玛卡对内分泌干扰的影响可能更为明显；在生活方式方面，如果本身有内分泌相关基础疾病的人群，如患有多囊卵巢综合征的女性，食用玛卡后可能会使病情波动，加重内分泌紊乱的情况。
对消化系统的影响
一些人食用玛卡后会出现消化系统的不适，如恶心、呕吐、腹痛、腹泻等症状。这可能是玛卡中的某些成分刺激胃肠道引起的。对于有胃肠道基础疾病的人群，例如患有胃炎、胃溃疡的人，食用玛卡后更容易诱发胃肠道不适，因为他们的胃肠道黏膜本身较为脆弱，玛卡的刺激可能会加重黏膜的损伤等情况。
过敏反应
个别人群可能对玛卡过敏，出现过敏反应，如皮肤瘙痒、皮疹、红肿等症状，严重时可能会出现呼吸困难等过敏休克的表现。从年龄方面，儿童由于免疫系统尚未完全发育成熟，相对更容易发生过敏反应；在病史方面，如果有明确的食物过敏史，尤其是对类似植物类食物过敏的人群，食用玛卡时发生过敏的风险会大大增加。
