胎盘组织液在临床应用中可能出现局部反应（注射部位疼痛、红肿、硬结等）、过敏反应（极少数人发生皮疹、瘙痒、呼吸困难等）、全身反应（发热、乏力等），且长期或大量使用可能对机体内分泌等系统产生未知影响，孕妇、哺乳期女性使用需格外谨慎，因对胎儿、婴儿影响未完全明确存在潜在不良风险。
局部反应：注射部位可能出现疼痛、红肿、硬结等情况。这是因为药物对局部组织产生刺激，不同个体对注射的反应存在差异，一些人可能局部反应相对明显。比如部分患者在肌肉注射胎盘组织液后，注射部位会在数小时至数天内出现红肿，一般情况下可自行缓解，但对于一些敏感体质者，可能红肿持续时间较长且症状较严重。
过敏反应：极少数人可能发生过敏反应，表现为皮疹、瘙痒、呼吸困难、面色苍白、血压下降等。过敏反应的发生与个体的过敏体质有关，当人体接触胎盘组织液中的某些成分时，免疫系统被激活，引发过敏相关的一系列症状。例如有过敏体质的患者使用胎盘组织液后，可能迅速出现皮肤瘙痒并伴有皮疹，严重时可导致呼吸道痉挛，引起呼吸困难，这种情况需要立即进行抢救处理。
全身反应：可能出现发热、乏力等全身症状。这可能是机体对胎盘组织液中的外来物质产生免疫应答后的表现。不同年龄、身体状况的人对这种全身反应的耐受程度不同，儿童由于免疫系统尚不完善，相对成人可能更容易出现发热等全身反应；而患有基础疾病的人群，如本身有免疫系统疾病或肝肾功能不全者，出现全身反应后可能恢复相对较慢，且需要密切监测病情变化。
其他潜在风险：由于胎盘组织液的成分复杂，目前虽然大部分副作用相对较少见，但长期或大量使用可能对机体的内分泌等系统产生未知的影响。对于孕妇、哺乳期女性等特殊人群，使用胎盘组织液需要格外谨慎，因为其对胎儿、婴儿的影响尚未完全明确，可能存在潜在的不良风险。比如孕妇使用胎盘组织液可能会干扰自身内分泌平衡，进而影响胎儿的正常发育；哺乳期女性使用后，药物成分可能通过乳汁传递给婴儿，对婴儿的生长发育带来不确定的影响。
