西地那非常见副作用有心血管系统可致血压短暂下降、面部潮红，神经系统有头痛，消化系统有消化不良，视觉异常有视觉模糊等；特殊人群中老年人易更明显出现相关影响，有基础疾病者如心血管疾病患者风险增加、肝肾功能不全者易致血药浓度升高或蓄积加重副作用；与药物相互作用时若同服硝酸酯类药物会致严重低血压危及生命。
常见副作用
心血管系统：可能引起血压短暂下降，健康人短期口服推荐剂量西地那非后，平均收缩压较基线下降约8.4mmHg，舒张压下降约5.5mmHg。还可能导致面部潮红等表现。
神经系统：部分人会出现头痛，发生率约为16%左右，可能与药物导致脑血管扩张等因素有关。
消化系统：少数人会有消化不良的症状，发生率约为7%。
视觉异常：可能出现视觉模糊、色觉改变等，例如把蓝色看成绿色等，发生率约为3%。
特殊人群需特别关注的副作用
老年人：老年人肝肾功能减退，药物代谢和排泄能力下降，更容易出现副作用，如上述的心血管系统、神经系统等方面的影响可能更明显，因为老年人本身心血管调节功能、神经系统功能等相对较弱，对药物的耐受性降低。
有基础疾病人群：
心血管疾病患者：本身有冠心病等心血管疾病的患者，使用西地那非可能会进一步影响心血管功能，因为西地那非是通过抑制磷酸二酯酶5（PDE5），增加一氧化氮（NO）介导的阴茎海绵体平滑肌松弛，而NO也参与心血管系统的调节，可能导致心血管事件风险增加，尤其是在性生活过程中心肌耗氧量增加时，可能诱发心绞痛等。
肝肾功能不全者：肝功能不全时，西地那非的代谢会受到影响，血药浓度升高，增加副作用发生的概率；肾功能不全者药物排泄受阻，也会使药物在体内蓄积，加重副作用。
与药物相互作用相关的副作用风险：如果同时服用硝酸酯类药物，如硝酸甘油等，会导致严重的低血压，因为硝酸酯类药物也通过释放NO发挥作用，西地那非抑制PDE5进一步增强NO的作用，两者合用会使血管扩张作用过度，引发危险的低血压，可能出现头晕、晕厥等症状，甚至危及生命。
