5氟胞嘧啶可致血液系统白细胞血小板减少等影响机体抵抗力，引发消化系统恶心呕吐腹痛腹泻等影响进食营养吸收，造成肝脏毒性致转氨酶升高等，对肾脏有损害致尿素氮肌酐升高等，出现神经系统头痛头晕嗜睡精神错乱等，孕妇应避免使用因可通过胎盘影响胎儿，肾功能不全者因排泄障碍易蓄积毒性需谨慎，儿童因代谢排泄不完善发生各类危害风险更高应严格评估必要性优先考虑非药物干预。
一、血液系统危害
5氟胞嘧啶可能引起血液系统异常，如导致白细胞、血小板减少等，影响血液的正常生理功能，使机体抵抗力下降，增加感染等风险。
二、消化系统危害
可引发消化系统症状，常见的有恶心、呕吐、腹痛、腹泻等，这些症状会影响患者的进食和营养吸收，长期可能导致营养不良等问题，尤其对于本身消化功能较弱的人群，如老年人或有基础胃肠道疾病者，症状可能更为明显。
三、肝脏毒性危害
可能造成肝脏毒性，表现为血清转氨酶升高、出现黄疸等，影响肝脏的正常代谢和解毒功能，对于已有肝脏基础疾病的患者，如肝炎患者等，使用5氟胞嘧啶时肝脏受损风险会进一步增加。
四、肾脏损害危害
对肾脏有一定损害，可引起血尿素氮、肌酐升高，导致肾功能异常，因为药物主要通过肾脏排泄，肾功能不全者药物排泄受阻，更容易在体内蓄积，加重肾脏负担，孕妇由于生理状态特殊，肾脏负担本就较重，使用时肾脏损害风险更高。
五、神经系统危害
可能出现神经系统症状，如头痛、头晕、嗜睡、精神错乱等，影响患者的神经功能和精神状态，儿童由于神经系统发育尚未成熟，使用时发生神经系统不良反应的风险相对更高，可能对其智力发育等产生潜在影响。
六、特殊人群风险
孕妇：5氟胞嘧啶可能通过胎盘影响胎儿，对胎儿产生不良影响，故孕妇应避免使用。
肾功能不全者：药物主要经肾脏排泄，肾功能不全时药物排泄障碍，易在体内蓄积导致毒性增加，需谨慎使用并密切监测肾功能。
儿童：儿童的代谢和排泄功能尚未完善，使用5氟胞嘧啶时发生上述各类危害的风险较成人更高，应严格评估使用必要性，优先考虑非药物干预措施。
