苯扎氯铵有多种副作用，局部使用可致局部刺激，部分人会过敏，长期或不当使用影响黏膜屏障功能，还可能有罕见的全身不适等情况，使用时需密切观察身体反应，异常及时就医。
苯扎氯铵可能引起局部刺激。有研究表明，在一些局部使用苯扎氯铵进行消毒等操作时，部分人群会出现局部黏膜的不适感，如在眼部使用含苯扎氯铵的制剂时，可能会导致眼部的轻微刺痛感等刺激症状。这是因为苯扎氯铵作为一种阳离子表面活性剂，可能会改变局部组织的细胞环境，对黏膜细胞产生一定的影响。对于儿童等特殊人群，由于其眼部黏膜等更为娇嫩，使用含苯扎氯铵的产品时更易出现刺激反应，所以儿童使用相关含苯扎氯铵的制剂需格外谨慎。
过敏反应方面
部分人可能对苯扎氯铵发生过敏反应。过敏反应的表现多样，轻者可能出现局部皮肤的红斑、瘙痒，严重时可能出现全身过敏症状，如荨麻疹、呼吸困难等。有临床研究显示，过敏体质的人群相对更易对苯扎氯铵产生过敏反应。在性别方面，并没有明显的性别差异导致过敏反应发生率不同，但不同性别在接触苯扎氯铵后的具体过敏表现可能因个体差异有所不同。对于有过敏史的人群，使用含苯扎氯铵的产品时需提前进行过敏测试等，以降低过敏风险。
对黏膜屏障的影响方面
长期或不当使用苯扎氯铵可能影响黏膜屏障功能。例如在阴道局部使用苯扎氯铵时，若使用不当或频率过高，可能会破坏阴道正常的菌群平衡和黏膜屏障，进而增加阴道感染等风险。对于有阴道炎症等病史的人群，使用含苯扎氯铵的阴道清洁产品等需更加谨慎，因为本身存在阴道菌群失调等情况时，苯扎氯铵可能会进一步加重黏膜屏障的破坏。在生活方式方面，若本身有不良的卫生习惯或处于免疫力较低的状态，使用苯扎氯铵后出现黏膜屏障相关问题的风险可能会增加。
其他潜在副作用方面
还有一些较为罕见的副作用报道，比如在一些特殊的医疗操作中使用苯扎氯铵后，个别人可能出现全身的不适症状，如头晕等，但这些情况相对较少见。不过在使用苯扎氯铵相关产品时，都需要密切观察身体的反应，一旦出现异常不适，应及时停止使用并就医。
