伊立替康有消化系统相关副作用如腹泻（40%-60%患者出现，儿童需关注水电解质平衡、老年影响更明显）、恶心呕吐（与刺激胃肠道有关，影响规律饮食者及有胃部疾病史者）；有血液系统相关副作用如骨髓抑制（致感染风险增加、出血倾向，儿童骨髓造血敏感、老年恢复困难）；还有其他副作用如迟发性腹泻（24-96小时出现，儿童需谨慎补液、有肠道基础疾病者加重损伤）、胆碱能综合征（表现为流涎等，不同人群耐受不同，年轻者相对能耐受轻度、老年更敏感）。
恶心、呕吐：也较为常见。部分患者在用药后会出现不同程度的恶心，进而可能发展为呕吐。这可能与伊立替康对胃肠道神经及消化系统的刺激有关。对于生活方式上习惯规律饮食的患者，恶心呕吐可能会打乱其正常的饮食节奏，影响营养摄入；有既往胃部疾病史的患者，如胃炎等，使用伊立替康后恶心呕吐的症状可能会加重原有病情。
血液系统相关副作用
骨髓抑制：主要表现为中性粒细胞减少、血小板减少等。中性粒细胞减少会使患者发生感染的风险增加，因为中性粒细胞是人体抵御感染的重要防线。血小板减少则可能导致患者出现出血倾向，如皮肤瘀点、瘀斑，严重时可能出现消化道出血、颅内出血等危及生命的情况。儿童患者骨髓造血功能相对敏感，骨髓抑制带来的影响可能更为突出；老年患者由于本身骨髓造血储备功能下降，发生骨髓抑制后恢复相对困难。
其他副作用
迟发性腹泻：一般在用药后24-96小时出现，这是伊立替康较为特殊的副作用之一。其发生机制较为复杂，与药物代谢产物等多种因素有关。对于不同年龄、性别和病史的患者，迟发性腹泻的处理和影响程度有所不同。例如，儿童患者发生迟发性腹泻时，需要更加谨慎地进行补液等支持治疗，以避免出现严重的脱水等并发症；有肠道基础疾病的患者，迟发性腹泻可能会加重肠道的损伤。
胆碱能综合征：表现为流涎、流泪、胃肠道痉挛、瞳孔缩小等。这是由于伊立替康代谢产物对胆碱能系统的影响所致。不同人群对胆碱能综合征的耐受程度不同，年轻患者可能相对能较好地耐受轻度的胆碱能综合征表现，而老年患者可能因基础疾病等因素，对胆碱能综合征带来的不适反应更为敏感。
