止疼药有多种副作用，包括胃肠道系统方面，如NSAIDs可致胃肠道不适，有胃肠道病史者风险更高；肝肾功能损害方面，长期或大剂量使用可能影响肝肾功能；血液系统方面，部分药可抑制血小板功能或引起血液成分改变；中枢神经系统方面，可致头晕、嗜睡等；还有过敏反应，轻者有皮疹等，重者可致过敏性休克，有过敏史者需特别留意药物成分。
肝肾功能损害
长期或大剂量使用某些止疼药可能会对肝肾功能造成影响。以对乙酰氨基酚为例，正常剂量下对乙酰氨基酚在肝脏代谢，一般不会对肝脏造成明显损害，但过量服用时，其代谢产物会对肝细胞产生毒性作用，可能导致肝功能异常。而一些非甾体抗炎药长期使用可能会影响肾脏血流灌注，导致肾功能减退，尤其对于本身就存在肾功能不全的患者，这种风险会显著增加。例如有慢性肾病的患者，在使用NSAIDs时需要格外谨慎，因为药物可能进一步加重肾脏的损伤。
血液系统副作用
部分止疼药可能会影响血液系统。比如某些非甾体抗炎药可能会抑制血小板的功能，导致血小板聚集能力下降，增加出血的风险，像鼻出血、牙龈出血等情况可能会更易发生。还有一些药物可能会引起白细胞减少等血液成分的改变，虽然相对较少见，但也是需要关注的副作用之一。对于本身有血液系统疾病的患者，如血小板减少性紫癜患者，服用止疼药后可能会使病情加重。
中枢神经系统副作用
一些止疼药可能会引起中枢神经系统的症状，例如头晕、嗜睡等。尤其是在服用某些复方止疼药时较为常见。有研究发现，约5%-10%的患者在服用含有某些成分的止疼药后会出现头晕的症状，这可能与药物对中枢神经系统的作用有关。对于从事驾驶、机械操作等需要高度集中注意力工作的人群，服用这类有中枢神经系统副作用的止疼药后，可能会因为头晕、嗜睡等症状而增加发生意外的风险。
过敏反应
部分人可能对止疼药中的某些成分过敏，出现过敏反应。过敏反应的表现多样，轻者可能出现皮疹、瘙痒等皮肤症状，重者可能发生过敏性休克，这是非常危险的情况。例如对阿司匹林过敏的患者，在服用含有阿司匹林成分的止疼药时就可能出现过敏反应。对于有药物过敏史的人群，在选择止疼药时需要特别留意药物成分，避免使用会引起过敏的药物。
