克林霉素有多种副作用，包括较常见的胃肠道反应如恶心、呕吐、腹痛、腹泻等且本身有胃肠道基础疾病者反应可能加重，可出现皮疹、瘙痒、药物热等过敏反应严重可致休克，可能引起血清氨基转移酶升高的肝脏毒性且肝功能不全者更易发生，偶可引起中性粒细胞减少等血液系统影响，可引发伪膜性肠炎表现为腹泻严重可危及生命，偶可致头晕、眩晕影响需高度集中注意力工作者，肌肉注射可致疼痛、硬结静脉注射可致静脉炎等局部反应。
一、胃肠道反应
克林霉素较常见的副作用为胃肠道反应，可表现为恶心、呕吐、腹痛、腹泻等。其机制是克林霉素可能刺激胃肠道黏膜，影响胃肠道正常的消化与蠕动功能。本身有胃肠道基础疾病者，如患有胃溃疡、胃炎等，使用克林霉素后胃肠道反应可能加重，此类人群需密切关注自身胃肠道症状变化。
二、过敏反应
可出现皮疹、瘙痒、药物热等，严重时可发生过敏性休克。过敏反应的发生与个体过敏体质相关，有药物过敏史者使用克林霉素时过敏风险更高，需在用药过程中密切观察有无过敏征象，如出现相关症状应立即停药并采取相应救治措施。
三、肝脏毒性
可能引起血清氨基转移酶升高，影响肝脏正常代谢功能。对于本身肝功能不全者，其肝脏对药物的代谢与解毒能力下降，使用克林霉素后肝脏毒性反应更易发生，此类患者需定期监测肝功能指标。
四、血液系统影响
偶可引起中性粒细胞减少、嗜酸性粒细胞增多、血小板减少等。对于有血液系统基础疾病或正在服用可能影响血液系统药物者，使用克林霉素时需谨慎，因其可能进一步干扰血液系统正常功能，需关注血常规变化。
五、伪膜性肠炎
较为严重的副作用，是由于克林霉素引起肠道菌群失调，难辨梭状芽孢杆菌大量繁殖产生毒素所致。可表现为腹泻，粪便可呈水样或血样，严重时可导致脱水、电解质紊乱甚至危及生命。长期或大剂量使用克林霉素者、老年患者发生风险更高，老年患者因机体免疫力相对较低、肠道功能相对较弱，病情进展可能更快，需特别留意肠道症状。
六、中枢神经系统影响
偶可引起头晕、眩晕等，对于从事驾驶、机械操作等需高度集中注意力工作者，使用克林霉素后出现此类症状可能影响正常工作与生活，需注意避免发生意外。
七、局部反应
肌肉注射时可能引起疼痛、硬结，静脉注射时可能引起静脉炎等。不同给药途径的局部反应表现有别，患者用药过程中若出现局部不适需及时告知医护人员采取相应处理措施。
