链霉素的副作用包括耳毒性（有前庭功能损害及耳蜗神经损害，儿童、老年人、肾功能不全者易受影响且儿童影响语言发育、成年人影响生活质量）、肾毒性（可致肾功能损害，肾功能不全者风险更高）、神经肌肉阻滞（可致肌肉无力等，重症肌无力及已用肌肉松弛剂者更易发生）、过敏反应（可现多种过敏症状甚至休克，过敏体质者风险高）及偶可引起周围神经炎等。
链霉素是一种氨基糖苷类抗生素，其副作用主要包括以下几方面：
耳毒性
前庭功能损害：较多见。表现为眩晕、头痛、共济失调等。儿童、老年人及肾功能不全者更容易出现前庭功能损害相关症状，儿童由于其耳部发育尚不完善，对链霉素耳毒性的敏感性相对较高；老年人肾功能减退，药物排泄减慢，易在体内蓄积导致耳毒性。例如一些研究显示，使用链霉素的患者中，约有一定比例会出现前庭功能相关的不适症状。
耳蜗神经损害：可导致听力减退甚至耳聋。初期可出现耳鸣、听力减退，继而发展为耳聋，且一旦发生往往难以恢复。不同年龄人群对耳蜗神经损害的易感性不同，儿童如果在儿童期使用链霉素导致耳蜗神经损害，会严重影响其语言发育等，因为儿童处于语言学习的关键时期，听力受损会阻碍正常的语言感知和学习；成年人则会严重影响其日常交流等生活质量。
肾毒性：链霉素可引起肾小管肿胀等，导致肾功能损害，表现为蛋白尿、管型尿等，进而可引起氮质血症、肾功能减退等。肾功能不全的患者本身肾脏排泄功能已受影响，使用链霉素后肾毒性更容易加重，因为药物排泄进一步受阻，在体内蓄积增加对肾脏的损害。有研究表明，肾功能不全患者使用链霉素时，需密切监测肾功能，因为其发生肾毒性的风险较肾功能正常者明显升高。
神经肌肉阻滞：可引起肌肉无力、四肢麻木、呼吸困难，严重时可发生呼吸抑制。这种情况在重症肌无力患者及已使用肌肉松弛剂的患者中更易发生，重症肌无力患者本身存在神经肌肉传递功能障碍，使用链霉素后会进一步加重神经肌肉阻滞；已使用肌肉松弛剂的患者，两者协同作用会增强神经肌肉阻滞的程度。
过敏反应：可出现皮疹、发热、血管神经性水肿、剥脱性皮炎等过敏症状，甚至可发生过敏性休克。不同性别对链霉素过敏反应的发生率无明显特异性差异，但个体差异较大，一些过敏体质的患者使用链霉素时发生过敏反应的风险更高。一旦发生过敏反应，需立即停药并进行相应的抗过敏治疗，如使用肾上腺素等抢救药物。
其他：偶可引起周围神经炎等。
