链霉素有耳毒性（影响前庭功能致眩晕等、影响耳蜗神经致听力减退等）、肾毒性（致肾小管功能受损等）、神经肌肉阻滞作用（可致呼吸抑制等）、过敏反应（可出现多种过敏症状，严重可致过敏性休克）等副作用，不同人群受影响情况有差异，用药前需关注患者相关情况。
对前庭功能的影响：可导致患者出现眩晕、平衡失调等症状。这是因为链霉素会损害内耳的前庭器官，影响其正常的平衡感知功能。在儿童群体中，由于其耳部发育尚未完全成熟，相对更容易受到链霉素耳毒性的影响，可能表现出更明显的眩晕等不适，且可能影响其运动发育和平衡能力的发展。对于有耳部疾病病史的患者，使用链霉素时耳毒性的风险可能更高。
对耳蜗神经的影响：会引起听力减退甚至耳聋。这是由于链霉素损害了耳蜗神经，影响了声音的传导和感知。长期或大剂量使用链霉素的患者发生耳蜗神经损害的风险显著增加，在老年人群体中，随着年龄增长，身体机能逐渐衰退，包括听觉系统的功能，所以老年患者使用链霉素时耳毒性的发生风险也会相应升高。
肾毒性：链霉素可对肾脏造成损害，表现为肾小管功能受损，出现蛋白尿、管型尿等。严重时可能影响肾小球的滤过功能，导致肾功能异常。对于本身有肾脏基础疾病的患者，如慢性肾炎等，使用链霉素后肾毒性的发生风险会大大增加，因为其肾脏已经处于相对脆弱的状态，难以承受链霉素对肾脏的进一步损害。而儿童的肾脏功能还在发育中，使用链霉素时也需要密切监测肾功能，防止出现肾损伤。
神经肌肉阻滞作用：可引起呼吸抑制等严重情况。这是因为链霉素能与突触前膜上的钙结合部位结合，阻止乙酰胆碱释放，从而产生神经肌肉接头阻滞。在患有重症肌无力等神经肌肉疾病的患者中，使用链霉素时神经肌肉阻滞的风险会明显增高，可能会诱发更严重的呼吸抑制等危及生命的情况。对于儿童患者，由于其神经肌肉系统发育尚未完善，也需要谨慎使用链霉素，密切观察是否出现相关的神经肌肉阻滞症状。
过敏反应：可出现皮疹、发热、血管神经性水肿、剥脱性皮炎等过敏症状，严重者可发生过敏性休克。过敏反应的发生与个体的特异性体质有关，不同年龄、性别、生活方式的人群都有可能发生过敏，但过敏体质的人群风险更高。在用药前需要详细询问患者的过敏史，对于有链霉素或其他氨基糖苷类抗生素过敏史的患者应禁止使用链霉素。儿童患者如果有过敏体质，使用链霉素时更要严格谨慎，一旦出现过敏症状需立即停药并进行相应的抗过敏治疗。
