乳酶生片副作用相对较少，消化道方面个别人群可能口干、极个别有腹部不适，儿童和有基础胃肠道疾病病史者需留意；过敏反应虽罕见但有发生，孕期、哺乳期女性及过敏体质者需谨慎；不宜与抗菌药物同服，使用其他药物或有不良生活方式时需告知医生并注意规避影响。
消化道方面：一般来说较少发生严重消化道副作用，但个别人群可能出现口干情况，这是因为乳酶生片在肠道内发挥作用时，可能会影响局部的水分平衡等，导致口腔唾液分泌相对减少而引起口干。另外，极个别患者可能出现腹部不适，这可能与药物在肠道内改变了正常的菌群环境和肠道蠕动等有关，不过这种情况发生概率极低。从年龄因素来看，儿童使用时相对成人可能更需谨慎观察，因为儿童的消化系统发育尚不完善，对药物的耐受性和反应可能与成人不同，若出现消化道相关不适，需密切关注并根据具体情况判断是否需要调整用药；对于有基础胃肠道疾病病史的患者，如既往有胃溃疡、胃炎等病史，使用乳酶生片时需更留意自身消化道症状变化，因为本身的胃肠道基础疾病可能会增加对药物副作用的敏感性。
过敏反应方面：虽然较为罕见，但也有发生过敏的可能，表现为皮疹等皮肤过敏症状。从性别角度看，不同性别在过敏反应发生概率上并无明显差异，但女性在孕期、哺乳期使用时需特别谨慎，因为孕期和哺乳期女性的身体处于特殊生理状态，药物可能通过胎盘或乳汁影响胎儿或婴儿，若发生过敏反应，可能需要权衡药物继续使用的必要性以及对母婴健康的影响；对于有过敏体质的人群，无论男女，使用乳酶生片前都应详细告知医生自己的过敏史，以便医生评估风险。
药物相互作用相关副作用：乳酶生片不宜与抗菌药物同服，因为抗菌药物会杀灭或抑制乳酶生片中活肠球菌的活性，从而降低乳酶生片的疗效。如果正在服用其他药物，在使用乳酶生片前应告知医生，由医生判断是否存在药物相互作用风险以及如何规避可能出现的副作用相关问题。例如正在服用抗生素类药物的患者，若同时使用乳酶生片，就可能因为药物相互作用而影响乳酶生片发挥正常的调节肠道菌群等作用，进而可能间接导致肠道功能紊乱等情况，但这并非乳酶生片直接引起的典型副作用，而是药物相互作用带来的间接影响。从生活方式角度，若在服药期间有饮酒等不良生活方式，可能会影响药物在体内的代谢等过程，增加副作用发生的潜在风险，所以在使用乳酶生片期间应尽量保持健康的生活方式，避免饮酒等可能影响药物效果和增加副作用的行为。
