抗生素可破坏肠道菌群平衡致肠道问题，不合理使用会促使细菌产生耐药性，长期或大剂量使用可能损害肝肾功能，还可能引发过敏反应，使用后还易引发二重感染，不同人群受影响程度不同。
一、破坏肠道菌群平衡
正常人体肠道存在大量有益菌群，它们对维持肠道正常功能、抵御病原菌入侵等起重要作用。抗生素在杀灭致病菌的同时，也会无差别地杀灭肠道内的有益菌，导致肠道菌群平衡被打破。例如研究表明，长期使用广谱抗生素后，肠道内双歧杆菌等有益菌数量显著减少，易引发腹泻、伪膜性肠炎等问题。对于儿童而言，其肠道菌群尚处于发育阶段，抗生素对肠道菌群平衡的破坏影响更为明显，可能干扰营养物质的消化吸收，进而影响生长发育。
二、导致细菌耐药性产生
不合理使用抗生素会促使细菌逐渐产生耐药性。当细菌多次接触抗生素后，会通过基因突变、获得耐药质粒等方式适应抗生素的作用，使得抗生素对其的杀菌效果下降。随着耐药菌株的不断增多，会造成临床抗感染治疗的困难，例如耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）等耐药菌的出现，使得原本有效的抗生素对其感染治疗效果大打折扣。不同年龄人群若不规范使用抗生素，都会加速耐药菌的产生，老年人由于机体免疫力相对较低，若反复使用抗生素，更易促使耐药菌的形成与传播。
三、引发肝肾功能损害
部分抗生素需要通过肝脏代谢或肾脏排泄，长期或大剂量使用可能对肝肾功能造成损伤。以氨基糖苷类抗生素为例，其具有明显的肾毒性，可导致肾小管损伤，出现蛋白尿、管型尿等；某些抗生素还可能引起肝细胞损伤，影响肝功能。老年人本身肝肾功能逐渐减退，对药物的代谢和排泄能力下降，使用抗生素时发生肝肾功能损害的风险相对更高；儿童的肝肾功能尚未发育成熟，同样面临较大的肝肾功能受损风险。
四、诱发过敏反应
抗生素可能引发过敏反应，轻者表现为皮疹、瘙痒等，重者可出现呼吸困难、过敏性休克等严重情况。过敏反应的发生与个体的免疫状态有关，不同性别在理论上并无绝对的过敏易感性差异，但个体之间存在差异。例如青霉素类抗生素，部分人群使用前虽进行皮试，但仍有少数人会出现过敏反应，若抢救不及时可危及生命。
五、引起二重感染
使用抗生素后，敏感菌被抑制，而不敏感菌（如真菌等）会趁机大量繁殖，从而引发新的感染，即二重感染。婴幼儿由于免疫系统发育不完善，肠道等部位的屏障功能较弱，在使用抗生素后更易发生二重感染，如假膜性小肠结肠炎、真菌性肺炎等，严重影响婴幼儿的健康。
