小金丸临床应用可能有副作用，消化系统方面可致胃肠道不适，长期或过量用可能加重肝肾代谢负担，肝肾功能不全者风险更高；有过敏体质者可能出现皮肤过敏；儿童一般不建议用，孕妇禁用，肝肾功能不全者用前需谨慎且用后要密切监测指标。
消化系统方面
胃肠道不适：部分患者服用小金丸后可能出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻等胃肠道反应。这是因为小金丸中的某些成分可能对胃肠道黏膜产生一定的刺激作用。例如，其中的一些中药材成分可能影响胃肠道的正常蠕动和消化功能，从而导致上述不适症状。不同个体对药物的耐受性不同，一些胃肠道较为敏感的人群更容易出现这类消化系统的副作用。
肝肾功能影响：虽然目前尚无大量明确且普遍的研究表明小金丸会必然导致肝肾功能损伤，但从药物代谢的角度来看，长期或过量服用小金丸可能会加重肝肾的代谢负担。对于本身肝肾功能不全的患者，这种风险可能相对更高。因为肝是人体重要的解毒器官，肾是排泄器官，药物进入体内后需要经过肝肾的代谢和排泄，不合理使用可能会对其功能产生潜在影响。
过敏反应
皮肤过敏：少数患者可能对小金丸中的某些成分过敏，从而出现皮肤过敏反应，如皮肤瘙痒、皮疹、红斑等。过敏反应的发生与个体的过敏体质有关，不同患者的过敏表现可能有所差异。一些患者可能仅出现轻微的皮肤瘙痒和少量皮疹，而严重的可能会出现全身性的过敏症状，如喉头水肿等，不过这种情况相对较为罕见。一旦出现过敏反应，应立即停止服用小金丸，并采取相应的抗过敏治疗措施。
特殊人群情况
儿童：儿童处于生长发育阶段，身体各器官功能尚未完全成熟，对药物的耐受性和代谢能力与成人不同。小金丸中的成分对于儿童的安全性尚未有充分的临床研究支持，所以一般不建议儿童使用小金丸，以免出现未知的不良反应风险。如果有相关病症需要治疗，应在医生的指导下选择更适合儿童的安全治疗方案。
孕妇：孕妇属于特殊人群，小金丸具有一定的活血作用，可能会对胎儿产生不良影响，如引起流产等。所以孕妇禁用小金丸，在备孕或孕期的女性如果需要用药，一定要告知医生自己的怀孕情况，由医生评估是否可以使用其他替代药物或采取其他治疗方法。
肝肾功能不全者：肝肾功能不全的患者本身肝肾功能已经受到一定程度的损害，服用小金丸后可能会进一步加重肝肾的负担，影响肝肾功能的恢复甚至可能导致肝肾功能进一步恶化。因此，这类患者在使用小金丸前应谨慎，需要在医生的严格评估下权衡利弊后再决定是否使用，如果使用则需要密切监测肝肾功能指标。
