替硝唑有胃肠道、神经系统、过敏、血液系统等副作用，禁用对其或硝基咪唑类药物过敏者、有活动性中枢神经系统疾病、血液病及器质性神经疾病者、妊娠早期妇女、哺乳期妇女，慎用肝肾功能不全者、儿童、有癫痫病史者。
胃肠道反应：较为常见，可表现为恶心、呕吐、食欲下降、腹痛、腹泻等。这是因为替硝唑可能直接刺激胃肠道黏膜，影响胃肠道的正常消化和蠕动功能。例如，有研究显示，在使用替硝唑的患者中，约有一定比例会出现不同程度的胃肠道不适症状。
神经系统反应：少数患者可能出现头痛、眩晕，偶见感觉异常、肢体麻木、共济失调、多发性神经炎等。这是由于替硝唑可能影响神经系统的正常功能，干扰神经传导等过程。
过敏反应：可表现为皮疹、瘙痒、药物热等，严重者可出现剥脱性皮炎、多形性红斑等。这是机体对替硝唑产生的免疫反应，过敏体质的患者相对更易发生。
血液系统反应：偶可引起白细胞减少、血小板减少及再生障碍性贫血等。这是因为替硝唑可能对骨髓造血功能产生一定影响，干扰血细胞的生成。
其他：还可能出现阴道念珠菌感染、膀胱炎、排尿困难、尿液发黑等情况，这可能与替硝唑对体内微生态环境的影响等有关。
替硝唑的禁忌
禁用人群
对替硝唑或硝基咪唑类药物过敏者：此类患者使用替硝唑后极易发生严重过敏反应，甚至可能危及生命，所以绝对禁止使用。
有活动性中枢神经系统疾病患者：由于替硝唑可能会对中枢神经系统产生不良影响，加重神经系统疾病的症状或引发新的神经系统问题，故这类患者禁用。
血液病患者、器质性神经疾病患者：替硝唑可能影响血液系统和神经系统功能，对于已有血液病或器质性神经疾病的患者，使用后可能导致病情加重，因此禁用。
妊娠早期（妊娠前3个月）妇女：替硝唑可通过胎盘屏障，可能对胎儿产生不良影响，所以妊娠早期妇女禁用。
哺乳期妇女：替硝唑可分泌至乳汁中，可能对婴儿产生不良作用，故哺乳期妇女禁用，必须用药时应暂停哺乳。
慎用人群
肝肾功能不全者：肝肾功能不全时，药物的代谢和排泄会受到影响，容易在体内蓄积，增加药物不良反应的发生风险，所以肝肾功能不全者应慎用，使用时需密切监测肝肾功能及药物不良反应。
儿童：儿童处于生长发育阶段，肝脏和肾脏等器官功能尚未完全成熟，对药物的耐受性和代谢能力与成人不同，使用替硝唑可能存在更多未知风险，所以儿童应慎用，必须使用时需严格权衡利弊，并在密切监护下使用。
有癫痫病史者：替硝唑可能诱发癫痫发作，有癫痫病史的患者使用时需谨慎，应密切观察病情变化。
