奥硝唑可能引起消化系统（如恶心、呕吐、胃痛、口腔异味、食欲减退，加重基础胃肠道疾病患者不适）、神经系统（如头晕、头痛、嗜睡，影响特殊职业人群及有基础疾病患者）、血液系统（偶见白细胞减少，削弱免疫低下人群免疫能力）、过敏反应（如皮疹、瘙痒、面部潮红、呼吸困难，有药物过敏史者风险高）及局部（注射部位疼痛、静脉炎，儿童静脉给药需注意规范）等多方面副作用。
消化系统方面：常见的有恶心、呕吐、胃痛、口腔异味等。例如，部分患者在使用奥硝唑后会出现食欲减退，这是因为药物可能影响胃肠道的正常消化功能，导致胃肠蠕动或消化酶分泌等出现变化，进而影响进食欲望。对于有基础胃肠道疾病的患者，如胃溃疡患者，使用奥硝唑后可能会加重胃部不适症状，因为药物可能对胃黏膜产生一定刺激，本身患有胃溃疡的患者胃黏膜屏障功能较弱，更容易受到药物影响而出现胃痛等加重表现。
神经系统方面：可能出现头晕、头痛、嗜睡等症状。头晕可能表现为患者感到头部昏沉、眩晕，影响日常活动的平衡感；头痛的程度因人而异，有些患者可能是轻微的胀痛，有些则可能较为明显。对于从事需要高度集中注意力工作的人群，如驾驶员等，出现头晕、嗜睡等神经系统副作用可能会增加发生意外的风险。而有神经系统基础疾病的患者，如癫痫患者，使用奥硝唑后需要密切观察，因为药物可能影响神经系统的稳定性，有诱发癫痫发作的潜在风险。
血液系统方面：偶见白细胞减少等情况。白细胞是人体免疫系统的重要组成部分，白细胞减少会使机体的免疫防御功能下降，增加患者发生感染的可能性。对于本身免疫功能低下的人群，如患有艾滋病等免疫缺陷疾病的患者，使用奥硝唑后出现白细胞减少的副作用会进一步削弱其免疫能力，需要格外谨慎使用该药物，并密切监测血常规等指标。
过敏反应方面：可能出现皮疹、瘙痒、面部潮红、呼吸困难等过敏症状。皮疹的表现多样，可能是斑丘疹、荨麻疹等不同形态；瘙痒会给患者带来不适，严重时可能影响患者的睡眠和生活质量。对于有药物过敏史的患者，在使用奥硝唑前需要详细询问过敏史，因为这类患者发生过敏反应的风险相对更高，一旦出现过敏症状需立即停药并进行相应的抗过敏治疗。
其他方面：还可能出现注射部位疼痛、静脉炎等局部反应。在静脉注射奥硝唑时，部分患者可能会在注射部位出现疼痛，长期或不规范的静脉注射还可能引发静脉炎，表现为注射部位血管红肿、疼痛、变硬等。对于儿童患者，由于其血管较细等特点，在使用奥硝唑静脉给药时，更要注意注射操作的规范性，以减少局部不良反应的发生。
