保和丸目前无明确普遍公认严重副作用，但特殊情况下有不适反应，胃肠道方面个体差异或饮食等可致不适，儿童、孕妇、老年人有特殊情况需注意，儿童风险相对高，孕妇服用需谨慎，老年人易因肝肾功能衰退致药物蓄积增副作用可能，均需相应注意。
个体差异导致的胃肠不适：部分人服用保和丸后可能出现胃肠道的轻微不适，如个别敏感体质者可能会有恶心、呕吐、腹痛、腹泻等症状。这可能与个体对药物成分的耐受性不同有关，因为保和丸中的山楂、神曲、半夏等成分，对于胃肠道敏感性较高的人，可能会刺激胃肠道黏膜，引发胃肠道的应激反应。例如有研究显示，在对不同人群进行保和丸用药观察时，约有1%-2%的人群会出现轻度的胃肠道不适症状，但一般症状较轻，不影响继续用药，在停药后可自行缓解。
与饮食等因素相关的反应：如果在服用保和丸期间同时食用了过于油腻、辛辣、生冷的食物，可能会加重胃肠道的负担，从而诱发或加重原本可能出现的胃肠道不适。因为保和丸主要是用于消食导滞等，如果在用药同时不注意饮食调节，就会影响药物的消化吸收以及对胃肠道的作用，使得胃肠道不适的概率增加或症状加重。
特殊人群情况
儿童：儿童处于生长发育阶段，肝肾功能尚未完全成熟，对药物的代谢和耐受能力与成人不同。儿童服用保和丸时出现副作用的风险可能相对较高，如出现胃肠道不适的概率可能较成人略高。而且儿童用药需要严格谨慎，因为其身体各方面机能尚未完善，一旦出现副作用可能对身体发育等产生一定影响。例如对于3岁以下的儿童，由于其胃肠功能相对更脆弱，在使用保和丸时要格外小心，需在医生的严格指导下使用，并且要密切观察是否出现胃肠道不适等副作用。
孕妇：孕妇属于特殊人群，体内的生理状态与常人不同。保和丸中的某些成分可能会对孕妇和胎儿产生潜在影响，虽然目前尚无明确大量数据表明一定会导致严重副作用，但从安全角度考虑，孕妇服用保和丸需要谨慎。因为药物可能会通过胎盘影响胎儿的生长发育，所以孕妇在决定是否服用保和丸时，必须咨询医生，由医生根据孕妇的具体情况权衡利弊后再做决定。如果孕妇服用后出现任何不适，如腹痛、阴道异常出血等情况，应立即就医。
老年人：老年人的肝肾功能逐渐衰退，药物代谢能力下降。服用保和丸后，药物在体内的代谢过程可能会受到影响，导致药物在体内的蓄积，从而增加出现副作用的可能性。例如老年人可能更容易出现胃肠道不适等症状，而且一旦出现副作用，恢复的时间可能相对较长。所以老年人在服用保和丸时，也需要在医生的指导下进行，并且要密切关注自身的身体反应，如出现异常情况应及时就医调整用药。
