毛果芸香碱有眼部副作用如瞳孔缩小过度、调节痉挛，有全身副作用如心血管系统可能致心率减慢、血压下降，呼吸系统大剂量用可影响呼吸，有胃肠道反应及过敏反应，儿童使用需特慎，老年人用风险更高，妊娠期和哺乳期妇女用需非常谨慎应在医生权衡利弊后决定是否使用。
瞳孔缩小过度：毛果芸香碱可强烈收缩瞳孔，部分患者可能出现瞳孔过度缩小的情况，这可能影响患者的视觉，尤其在暗光环境下可能导致视物模糊等问题。有研究表明，在使用毛果芸香碱治疗青光眼等疾病时，约有一定比例的患者会出现不同程度的瞳孔缩小过度现象。
调节痉挛：会引起睫状肌痉挛，导致调节痉挛，表现为近距离视物困难，这是因为毛果芸香碱作用于睫状肌的M胆碱受体，使睫状肌收缩，悬韧带松弛，晶状体变凸，屈光度增加，从而影响了眼睛的调节功能。
全身副作用
心血管系统：可能引起心率减慢、血压下降等情况。对于本身有心血管疾病的患者，如冠心病、低血压患者等，使用毛果芸香碱后可能会加重病情。有研究显示，在使用毛果芸香碱的患者中，约少数人会出现心率明显减慢或血压降低的情况，尤其是在静脉给药时这种风险相对更高。
呼吸系统：大剂量使用时可能影响呼吸功能，导致支气管痉挛等。对于有哮喘等呼吸系统疾病的患者，使用毛果芸香碱需格外谨慎，因为它可能诱发哮喘发作或使病情加重。
其他副作用
胃肠道反应：部分患者可能出现恶心、呕吐、腹痛等胃肠道不适症状。这是由于毛果芸香碱兴奋胃肠道平滑肌的M胆碱受体，导致胃肠道蠕动增加、分泌增多，从而引起这些胃肠道反应。
过敏反应：少数患者可能对毛果芸香碱过敏，出现皮疹、瘙痒、呼吸困难等过敏症状。过敏反应的发生与个体的过敏体质有关，一旦出现过敏症状应立即停药并进行相应的抗过敏治疗。
特殊人群注意事项
儿童：儿童使用毛果芸香碱需特别谨慎，因为儿童的身体机能尚未完全发育成熟，对药物的耐受性和反应可能与成人不同。儿童使用该药物可能会出现更明显的副作用，如眼部调节痉挛可能影响儿童的视力发育等，所以应尽量避免低龄儿童使用，必须使用时需在医生严格评估下进行。
老年人：老年人各器官功能逐渐衰退，对药物的代谢和耐受能力下降。老年人使用毛果芸香碱时，发生心血管系统副作用（如心率减慢、血压下降）以及眼部副作用（如瞳孔过度缩小、调节痉挛）的风险可能更高。在使用前应评估老年人的心血管功能和眼部情况，密切观察用药后的反应。
妊娠期和哺乳期妇女：妊娠期妇女使用毛果芸香碱可能会对胎儿产生影响，哺乳期妇女使用后药物可能通过乳汁传递给婴儿，所以妊娠期和哺乳期妇女使用该药物需非常谨慎，应在医生权衡利弊后决定是否使用。
