胺碘酮可引起心血管系统不良反应如窦性心动过缓等、甲状腺功能异常包括甲状腺功能减退和亢进、肺部不良反应如间质性肺炎或肺纤维化、肝脏不良反应如肝功能损害、眼部不良反应如角膜微粒沉着、神经系统不良反应如头晕等、皮肤不良反应如皮肤色素沉着，不同人群因自身状况不同受影响程度有差异。
胺碘酮可能引起窦性心动过缓、房室传导阻滞等。有研究显示，长期应用胺碘酮的患者中约15%-20%会出现窦性心动过缓，这是因为胺碘酮对心脏起搏点和传导系统有抑制作用。对于老年患者，由于其心脏功能本身可能存在一定退化，更容易出现心动过缓相关问题，因为老年人心肌细胞功能下降，对药物的耐受性降低。
甲状腺功能异常
甲状腺功能减退：胺碘酮含碘量较高，长期使用可能导致甲状腺功能减退，发生率约5%-10%。碘是合成甲状腺激素的原料，胺碘酮中的碘干扰了甲状腺激素的正常合成与代谢。在患有自身免疫性甲状腺疾病病史的患者中，使用胺碘酮后发生甲状腺功能减退的风险可能更高，因为这类患者甲状腺本身存在免疫紊乱基础，药物引起的碘代谢异常更易诱发甲状腺功能减退。
甲状腺功能亢进：也有少数患者使用胺碘酮后会出现甲状腺功能亢进，机制可能是胺碘酮诱发甲状腺滤泡释放甲状腺激素。
肺部不良反应
可引起间质性肺炎或肺纤维化，发生率约1%-2%。临床表现为咳嗽、呼吸困难等。长期用药的患者发生肺部不良反应的风险相对较高，老年人由于肺功能储备下降，一旦发生肺部不良反应，病情可能进展较快，因为老年人肺组织弹性减退、换气功能降低。
肝脏不良反应
可能导致肝功能损害，表现为转氨酶升高、胆红素升高等。发生率约5%左右。药物需要经过肝脏代谢，胺碘酮对肝脏细胞可能有直接或间接的毒性作用。有基础肝脏疾病的患者，如本身有肝炎病史、肝硬化等，使用胺碘酮后肝功能损害的风险会增加，因为其肝脏基础状况较差，对药物代谢解毒能力减弱。
眼部不良反应
长期服用胺碘酮可能引起角膜微粒沉着，一般无明显症状，停药后可能逐渐消失。但对于一些特殊人群，如驾驶员等需要良好视力的人群，角膜微粒沉着可能会影响其视力，需要引起注意。
神经系统不良反应
少数患者可出现头晕、头痛、共济失调等神经系统症状。这可能与胺碘酮对中枢神经系统的影响有关，具体机制尚不完全明确。对于老年患者，神经系统功能相对较弱，发生神经系统不良反应时可能更易影响其日常生活，如平衡能力下降导致跌倒风险增加等。
皮肤不良反应
部分患者会出现皮肤色素沉着，暴露部位如面部、颈部等更为明显。这与胺碘酮在体内的代谢产物沉积有关。对于有皮肤敏感问题的患者，皮肤色素沉着可能会对其外观产生较大影响，导致心理压力增加。
