玛咖可能存在多方面副作用，对内分泌系统可干扰激素水平，影响甲状腺功能及女性激素平衡致月经紊乱；对消化系统会刺激黏膜引发不适，加重胃肠疾病病情；对神经系统可致头晕头痛失眠等，诱发神经系统疾病患者异常反应；有过敏体质者可能过敏；还可能影响心血管系统致血压波动，加重心血管疾病病情。
玛咖中含有的某些成分可能会干扰内分泌系统。有研究表明，长期大量摄入玛咖可能影响激素水平，例如可能对甲状腺功能产生一定影响，虽然具体机制尚未完全明晰，但部分研究发现其可能改变甲状腺激素相关指标。对于本身有甲状腺疾病病史的人群，食用玛咖后可能会使病情波动，因为其成分可能干扰甲状腺激素的正常调节过程。女性如果长期过量食用玛咖，还可能影响雌激素和孕激素的平衡，进而导致月经周期紊乱等情况，这是由于玛咖成分可能作用于内分泌腺体，影响激素的分泌与代谢。
对消化系统的影响
玛咖可能会对消化系统产生刺激。部分人在食用玛咖后会出现胃肠道不适症状，如恶心、呕吐、腹痛、腹泻等。这是因为玛咖中的一些成分可能会刺激胃肠道黏膜，影响胃肠道的正常蠕动和消化功能。对于本身有胃肠道疾病，如胃炎、胃溃疡等病史的人群，食用玛咖后更易诱发胃肠道不适，加重原有病情。这是由于患病的胃肠道黏膜较为敏感，玛咖的刺激成分会进一步损伤黏膜，影响消化功能的正常运行。
对神经系统的影响
个别情况下，玛咖可能会对神经系统产生影响。一些人食用玛咖后可能出现头晕、头痛、失眠等症状。这是因为玛咖中的某些活性成分可能会影响神经系统的正常功能，干扰神经递质的平衡。对于本身有神经系统疾病病史的人群，如癫痫患者等，食用玛咖可能会诱发神经系统的异常反应，因为玛咖成分可能会影响神经细胞的电活动等，从而加重病情或引发新的神经症状。
过敏反应风险
部分人群可能对玛咖过敏，过敏反应的表现多样，如皮肤瘙痒、皮疹、红肿，严重时可能出现呼吸困难等症状。过敏反应的发生是由于人体免疫系统将玛咖中的某些成分识别为外来抗原，从而引发免疫应答。对于有过敏体质的人群，在食用玛咖前应谨慎，最好先进行少量尝试，观察是否有过敏迹象。如果本身已知对类似植物成分过敏，那么食用玛咖的风险会大大增加，需要绝对避免食用玛咖产品。
对心血管系统的影响
玛咖可能对心血管系统产生一定影响。有研究发现，过量摄入玛咖可能会导致血压波动，使血压升高或不稳定。对于本身有高血压、冠心病等心血管疾病的人群，食用玛咖可能会加重病情，因为玛咖成分可能会影响心脏的节律和血管的张力等。例如，玛咖中的某些成分可能会刺激心脏，增加心脏的负担，对于原本心脏功能就不佳的人群，这种影响更为显著，可能会诱发心绞痛等心血管事件。
