长期吃螺旋藻可能存在营养不均衡风险，会致其他重要营养素摄入不足影响不同年龄人群健康；还会加重代谢负担，尤其影响肾脏功能及有基础肾病者；部分人可能引发过敏反应；若生长环境受污染会有重金属蓄积风险损害身体；还可能干扰药物代谢影响药物效果及增加不良反应风险。
营养不均衡风险：螺旋藻虽有一定营养成分，但长期仅依赖其作为主要营养来源，会导致其他重要营养素摄入不足。例如，它不能提供人体所需的全部维生素种类及足够的脂肪、膳食纤维等。从科学研究来看，人体需要从多种食物中获取全面营养以维持正常生理功能，长期单一食用螺旋藻无法满足这种全面营养需求。对于不同年龄人群，儿童处于生长发育关键期，更需要多样化食物来保证骨骼、智力等正常发育；老年人各器官功能逐渐衰退，对营养均衡要求更高，长期吃螺旋藻易造成营养不均衡。
加重代谢负担：螺旋藻含有一定量的蛋白质等成分，长期大量食用会加重肾脏等器官的代谢负担。肾脏需要过滤和处理人体摄入的各种物质，过多摄入螺旋藻相关成分，超出肾脏正常代谢能力，可能影响肾脏的滤过功能等。对于有基础肾脏疾病的人群，这种危害更为明显，可能会加重肾脏病情；对于正常人群，长期过量食用也会对肾脏代谢功能产生不良影响，影响其长期健康。
可能引发过敏反应：部分人群可能对螺旋藻过敏，长期食用可能引发过敏症状。过敏反应的表现多样，如皮肤瘙痒、皮疹、呼吸困难等。不同过敏体质的人群，过敏反应的严重程度和表现形式可能不同。过敏体质者在接触螺旋藻后，免疫系统会将其识别为外来过敏原，从而引发免疫应答，导致过敏症状出现。对于有过敏史的人群，尤其是有食物过敏史的人，在食用螺旋藻前应格外谨慎，避免长期食用可能带来的过敏风险。
重金属蓄积风险：如果螺旋藻生长环境受到污染，长期食用可能导致重金属蓄积在体内。一些研究发现，某些水域环境中的螺旋藻可能会富集铅、汞等重金属，人体长期摄入后，重金属在体内逐渐积累，会对神经系统、消化系统等造成损害。对于生活在污染环境周边水域附近的人群，长期食用当地采集的螺旋藻，重金属蓄积风险更高；对于一般人群，如果食用了来自受污染环境的螺旋藻产品，也存在重金属蓄积的潜在危害。
干扰药物代谢：长期吃螺旋藻可能会干扰一些药物的代谢过程。例如，它可能会影响肝脏中药物代谢酶的活性，从而影响药物在体内的代谢速度和效果。对于正在服用其他药物的人群，这种干扰可能会导致药物在体内的浓度异常，要么达不到预期的治疗效果，要么增加药物不良反应的发生风险。不同药物与螺旋藻的相互作用情况不同，需要根据具体药物来分析，但总体而言长期食用螺旋藻存在干扰药物代谢的可能性，这对正在进行药物治疗的患者来说是需要关注的潜在风险。
