白芸豆可能存在多种副作用，在胃肠道方面可致腹胀、腹痛、腹泻；有过敏反应时会出现皮肤症状、呼吸道症状；对特殊人群如孕妇、儿童、有基础胃肠道疾病患者也有不同影响，孕妇需谨慎食用，低龄儿童不建议食用，有基础胃肠道疾病患者食用可能加重病情。
腹胀、腹痛：白芸豆中含有一种名为α-淀粉酶抑制剂的成分，它会抑制人体对碳水化合物的消化吸收。部分人群在食用含有白芸豆的产品后，由于碳水化合物消化吸收受阻，在肠道内被肠道细菌发酵，产生气体，从而引起腹胀。如果食用量较大或自身胃肠道较为敏感，还可能出现腹痛症状。例如，有研究表明，对于一些原本胃肠道功能较弱的人群，一次性摄入较多含白芸豆成分的产品，约有30%左右会出现不同程度的腹胀腹痛情况。
腹泻：对于个别对α-淀粉酶抑制剂较为敏感或者食用量过多的人，肠道内未被消化吸收的碳水化合物过多，会增加肠道的渗透性，导致肠道蠕动加快，进而引发腹泻。尤其是本身肠道功能紊乱的人群，这种情况发生的风险相对更高。
过敏反应
皮肤症状：少数人可能对白芸豆中的某些蛋白质等成分过敏，食用后可能出现皮肤瘙痒、皮疹等症状。一般在接触白芸豆相关制品后数小时内出现，轻者表现为局部皮肤散在的小红疹，重者可能全身皮肤都出现广泛的皮疹，伴有明显瘙痒。有过敏史的人群食用白芸豆相关产品时需要特别谨慎，据统计，过敏体质人群中约有5%-8%可能对白芸豆产生过敏反应。
呼吸道症状：严重的过敏反应还可能累及呼吸道，出现鼻塞、流涕、打喷嚏，甚至呼吸困难等症状。这是因为过敏介质释放到呼吸道黏膜，引起黏膜水肿、充血等反应。一旦出现呼吸道过敏症状，情况较为危急，需要及时就医处理。
对特殊人群的影响
孕妇：目前关于白芸豆对孕妇及胎儿影响的研究相对较少，但从其可能引起胃肠道不适等情况考虑，孕妇食用白芸豆需要谨慎。如果孕妇食用后出现严重的腹胀、腹痛或过敏反应，可能会影响自身的营养状况和情绪，进而对胎儿产生间接影响。所以孕妇应在医生指导下谨慎食用含有白芸豆成分的产品。
儿童：儿童的消化系统和免疫系统发育尚未完全成熟，相比成年人更容易受到白芸豆中相关成分的影响。儿童食用白芸豆后出现胃肠道不适或过敏反应的风险可能更高，而且儿童无法准确表达自身的不适感受，所以不建议低龄儿童食用含有白芸豆成分的产品，如需食用相关产品，应在成人监护下且遵循医生建议。
有基础胃肠道疾病患者：如患有胃溃疡、十二指肠溃疡等胃肠道疾病的患者，白芸豆中的α-淀粉酶抑制剂可能会加重胃肠道的消化负担，导致原有病情加重。因为这类患者的胃肠道黏膜本身存在一定程度的损伤或功能异常，碳水化合物消化吸收受阻后引起的胃肠道气体产生和蠕动变化等情况可能会更明显地刺激病变部位，引发更严重的不适症状。
