南瓜籽油有一些副作用，消化系统方面可能引起胃肠道不适、腹泻；过敏体质者可能出现皮肤过敏、呼吸道过敏症状；特殊人群如孕妇、儿童、有基础疾病人群需特别注意，孕妇食用需谨慎，儿童不建议随意食用，有基础疾病人群食用前应咨询医生。
可能引起胃肠道不适：部分人食用南瓜籽油后可能出现胃肠道反应，如轻度的腹胀、腹痛等。有研究表明，个别人群在摄入南瓜籽油后，胃肠道的消化功能可能会受到一定影响，这是因为南瓜籽油中含有一定量的油脂成分，对于胃肠道较为敏感的人群，油脂的摄入可能会刺激胃肠道蠕动或引起消化功能的短暂紊乱。例如，一些本身有慢性胃炎、胃溃疡等基础疾病的患者，在食用南瓜籽油后，可能会加重胃部的不适症状，如出现隐痛、饱胀感等。
腹泻风险：少数人可能对南瓜籽油中的某些成分不耐受，从而导致腹泻。这是因为个体的肠道菌群和肠道消化吸收功能存在差异，当摄入南瓜籽油后，肠道无法很好地适应其中的成分，就可能引发腹泻症状。比如一些肠道菌群失调的人群，食用南瓜籽油后更易出现腹泻情况。
过敏反应
皮肤过敏表现：过敏体质的人食用南瓜籽油后可能出现皮肤过敏症状，如皮肤瘙痒、红斑、皮疹等。这是由于人体免疫系统将南瓜籽油中的某些蛋白质或其他成分识别为外来过敏原，从而引发免疫反应，导致皮肤出现相应的过敏表现。例如，有过食物过敏史的人群，在接触南瓜籽油后，皮肤可能迅速出现异常反应，轻者只是局部的小红疹，重者可能会全身大面积出现皮疹并伴有明显瘙痒。
呼吸道过敏症状：严重时可能出现呼吸道过敏症状，如打喷嚏、流鼻涕、咳嗽、气喘等。这是因为过敏原通过消化道吸收进入体内后，随着血液循环影响到呼吸道黏膜，引发呼吸道的过敏反应。比如一些本身有过敏性鼻炎、哮喘等呼吸道过敏性疾病的患者，食用南瓜籽油后可能诱发或加重呼吸道的过敏症状，出现呼吸不畅、喘息等情况。
特殊人群需特别注意
孕妇：孕妇食用南瓜籽油需谨慎，目前虽然没有大量确凿证据表明南瓜籽油对孕妇绝对不安全，但由于孕妇处于特殊生理阶段，其身体的代谢和免疫系统等与常人有所不同，对于南瓜籽油中的成分可能会有更敏感的反应。目前缺乏针对孕妇食用南瓜籽油的大规模、长期的安全研究数据，所以为了避免可能存在的未知风险，孕妇在食用南瓜籽油前最好咨询医生的意见，权衡利弊后再决定是否食用。
儿童：儿童的消化系统、免疫系统等还未发育完全成熟，对于南瓜籽油的耐受性和代谢能力与成人不同。目前关于儿童食用南瓜籽油的安全性研究相对较少，所以不建议给儿童随意食用南瓜籽油，以免出现上述提到的胃肠道不适、过敏等不良反应。如果有特殊情况需要食用，必须在医生的严格指导下进行，并且要密切观察儿童食用后的反应。
有基础疾病人群：患有糖尿病、高血脂等基础疾病的人群，在食用南瓜籽油时要格外注意。南瓜籽油含有一定的油脂成分，对于糖尿病患者，过多的油脂摄入可能会影响血糖的控制，因为油脂的代谢也会在一定程度上干扰身体的糖代谢等过程；对于高血脂患者，南瓜籽油中的脂肪含量可能会加重血脂的升高，从而不利于病情的控制。所以这类人群在食用南瓜籽油前应咨询医生，根据自身病情和身体状况来决定是否适合食用以及食用的量等。
