大蒜素的副作用有胃肠道反应致恶心呕吐腹痛腹泻等、少数人过敏现皮肤瘙痒皮疹等严重可呼吸困难喉头水肿、大量摄入影响血液凝固功能延长出血时间；禁忌有胃肠道疾病患者应避免因刺激加重损伤、过敏体质者绝对禁止因可能交叉过敏、手术前两周左右应避免因影响凝血增加出血风险、低龄儿童不建议因系统发育不完善风险高且缺乏足够临床证据支持。
胃肠道反应：大蒜素对胃肠道黏膜有一定刺激性，可能导致恶心、呕吐、腹痛、腹泻等症状。例如，部分人群在大量服用大蒜素制剂后，会出现明显的胃部不适，这是因为大蒜素中的成分刺激了胃肠道平滑肌，引起其过度收缩和消化液分泌紊乱。一般人群短期少量服用时可能症状较轻，但长期或过量服用时，胃肠道反应可能会加重。对于本身胃肠道功能较弱的人群，如患有慢性胃炎、胃溃疡等疾病的患者，更容易出现较严重的胃肠道不适，因为他们的胃肠道黏膜本来就相对敏感，大蒜素的刺激会进一步损伤黏膜，影响胃肠道的正常消化和吸收功能。
过敏反应：少数人可能对大蒜素过敏，表现为皮肤瘙痒、皮疹、红斑，严重时可能出现呼吸困难、喉头水肿等过敏症状。过敏反应的发生与个体的过敏体质有关，过敏体质人群的免疫系统会将大蒜素识别为外来的有害物质，从而启动免疫应答，释放组胺等炎症介质，引起一系列过敏表现。在使用大蒜素相关产品前，过敏体质者需要特别谨慎，如果既往有对大蒜或类似成分过敏的历史，应避免使用大蒜素。一旦出现过敏症状，应立即停止使用，并及时就医进行抗过敏治疗。
影响血液系统：有研究表明，大量摄入大蒜素可能会影响血液的凝固功能，延长出血时间。这是因为大蒜素可能会抑制血小板的聚集功能。对于正在服用抗凝血药物的患者，如华法林等，同时服用大蒜素可能会增加出血的风险，因为大蒜素的抗血小板聚集作用会与抗凝血药物的作用叠加，进一步干扰正常的凝血机制。所以，正在接受抗凝血治疗的患者在使用大蒜素前应咨询医生，评估两者联用的风险。
大蒜素的禁忌
胃肠道疾病患者禁忌：患有胃溃疡、十二指肠溃疡等胃肠道疾病的患者应避免使用大蒜素。因为大蒜素的刺激性可能会加重胃肠道黏膜的损伤，导致病情恶化。例如，胃溃疡患者的胃黏膜已经存在破损，大蒜素的刺激会使胃酸分泌增多，进一步腐蚀破损的黏膜，引起疼痛加剧、出血等并发症。所以这类患者需要严格禁忌大蒜素的摄入，包括食用生蒜、服用大蒜素制剂等。
过敏体质者禁忌：如前所述，对大蒜素过敏的人群绝对禁止使用。除了明确对大蒜素过敏外，对于曾经对大蒜过敏的人群也应禁忌，因为大蒜和大蒜素在成分上有一定相关性，可能会引发交叉过敏反应。过敏体质者在接触大蒜素后可能迅速出现过敏症状，所以必须严格禁忌。
手术患者禁忌：在手术前两周左右应避免服用大蒜素。因为大蒜素可能会影响血液的凝固功能，增加手术中的出血风险。手术过程中需要保持患者的凝血功能在正常稳定状态，以确保手术的安全进行。所以为了避免因大蒜素导致的凝血功能异常对手术造成不利影响，手术患者在术前需要遵循医生的嘱咐，停止使用大蒜素相关产品。
低龄儿童禁忌：由于低龄儿童的身体各个系统发育尚不完善，尤其是胃肠道和免疫系统等相对脆弱，大蒜素对他们胃肠道的刺激性以及可能引发的过敏等风险更高，且目前针对低龄儿童使用大蒜素的安全性和有效性缺乏足够充分的临床研究证据支持，所以不建议低龄儿童使用大蒜素相关产品。比如幼儿阶段的儿童，其胃肠道黏膜更娇嫩，更容易受到大蒜素的刺激而出现严重的胃肠道反应，同时免疫系统发育不成熟，过敏风险也相对较高。
