阿托品有多种常见副作用，神经系统方面小剂量可致轻度兴奋、较大剂量可致明显中枢兴奋；心血管系统方面治疗量可使部分人心率轻度短暂减慢、较大剂量致心率加快，大剂量时可能致血压波动；眼部可致视物模糊、眼压升高；呼吸系统致呼吸道分泌物减少；消化系统致口干、胃肠蠕动减慢，不同个体耐受度不同，医生需据患者情况权衡利弊并观察反应。
中枢神经系统兴奋：阿托品可通过血脑屏障，小剂量使用时可能出现轻度兴奋症状，如烦躁不安、多言等；较大剂量时可出现明显的中枢神经系统兴奋，表现为幻觉、定向障碍、惊厥等。有研究表明，在临床使用中，部分患者使用阿托品后会出现不同程度的中枢神经兴奋表现，这与阿托品对中枢神经系统的作用机制相关，它能阻断中枢神经系统的M胆碱受体，干扰神经递质的传递，从而影响中枢神经系统的功能。对于儿童患者，由于其中枢神经系统发育尚未完善，使用阿托品后发生中枢神经系统兴奋的风险相对较高，可能表现得更为明显，如婴幼儿使用后可能出现过度兴奋、哭闹不安等情况。
心血管系统方面
心率变化：治疗量的阿托品可使部分患者心率轻度短暂减慢，这是因为阿托品阻断了迷走神经对心脏的抑制作用，但这种作用通常持续时间较短。而较大剂量使用时，可引起心率加快，这是由于阿托品阻断了心脏窦房结的M受体，解除了迷走神经对心脏的抑制，从而使心率明显增快。对于有基础心脏疾病的患者，如冠心病患者，使用阿托品后心率加快可能会增加心肌耗氧量，加重心肌缺血的风险。例如，本身存在冠状动脉狭窄的患者，心率加快会使心脏收缩期缩短，舒张期灌注时间减少，进一步影响心肌供血，可能诱发心绞痛等心脏事件。
血压变化：一般治疗剂量下，阿托品对血压影响不明显。但在大剂量使用时，可能引起血压轻度升高或降低，这与药物对血管平滑肌的作用以及对心血管反射的影响有关。对于老年患者，其血管调节功能相对较差，使用阿托品后血压波动可能更为明显，需要密切监测血压变化。
眼部方面
视物模糊：阿托品是强效的M胆碱受体拮抗剂，可阻断眼部的M受体，使瞳孔括约肌松弛，瞳孔散大，同时使睫状肌松弛，导致调节麻痹，从而出现视物模糊的症状。尤其是在使用阿托品进行散瞳验光等操作后，患者会出现短时间的视物不清，需要避免从事需要精细视力的活动，如驾驶等。对于儿童患者，在进行眼科检查或治疗时使用阿托品散瞳后，家长要注意看护，防止儿童发生意外。
眼压升高：由于瞳孔散大，虹膜退向四周边缘，前房角间隙变窄，阻碍房水回流，可使眼压升高。对于患有青光眼或具有青光眼潜在风险的患者，使用阿托品可能会诱发青光眼急性发作，这类患者应禁用阿托品。在用药前，医生需要详细询问患者的眼部病史，评估眼压情况。
呼吸系统方面
呼吸道分泌物减少：阿托品能阻断呼吸道腺体的M受体，使呼吸道分泌物减少，导致痰液黏稠，不易咳出。对于慢性阻塞性肺疾病患者，本身存在呼吸道分泌物增多且排出困难的情况，使用阿托品后会进一步加重痰液黏稠度，可能导致呼吸困难加重。因此，这类患者使用阿托品需要谨慎，用药过程中要注意观察呼吸道分泌物情况，必要时可采取相应的祛痰措施。
消化系统方面
口干：这是阿托品较为常见的副作用之一，由于阿托品阻断了唾液腺的M受体，使唾液分泌减少，患者会感到口干。在用药期间，患者可通过多饮水来缓解口干症状，但要注意避免一次性大量饮水，以免引起不适。对于老年患者，本身唾液分泌功能就有所减退，使用阿托品后口干症状可能更为明显，需要加强口腔护理，保持口腔湿润。
胃肠蠕动减慢：阿托品可抑制胃肠平滑肌的蠕动，导致胃肠蠕动减慢，引起腹胀、便秘等症状。对于有胃肠道疾病的患者，如慢性胃炎患者，使用阿托品后可能会加重消化不良的症状。在用药过程中，可建议患者多吃富含膳食纤维的食物，促进胃肠蠕动，预防便秘的发生。
不同个体对阿托品副作用的耐受程度存在差异，在使用阿托品时，医生需要根据患者的具体情况，如年龄、基础疾病等，权衡用药的利弊，密切观察患者用药后的反应，一旦出现明显的副作用，应及时采取相应的措施进行处理。
