西咪替丁有多种副作用，中枢神经系统方面可致头晕、头痛、困倦等，少数有焦虑、失眠等；消化系统有腹泻、便秘等，罕见胰腺炎；血液系统可引起白细胞减少等，还有血小板减少等；心血管系统偶见低血压、心悸等；内分泌和生殖系统有抗雄激素等作用，致男性乳房发育等，女性月经周期紊乱等；还可能有过敏反应如皮疹等。
一、中枢神经系统方面
1.常见表现
可能出现头晕、头痛、困倦等症状。有研究表明，部分患者服用西咪替丁后会出现中枢神经系统的轻度不良反应，其发生机制可能与西咪替丁透过血-脑屏障影响中枢神经递质有关。例如，可能干扰了某些神经递质的正常代谢或传递过程，从而导致患者出现上述不适症状。
少数患者还可能出现焦虑、失眠、幻觉等较为少见的中枢神经系统症状。不过相对来说，这些情况发生的概率较低，但一旦出现需引起重视。对于有神经系统基础疾病的患者，如既往有癫痫病史的患者，使用西咪替丁时中枢神经系统副作用的发生风险可能会增加，因为西咪替丁可能会影响神经系统的稳定性，诱发癫痫发作等更严重的神经系统问题。
二、消化系统方面
1.常见表现
部分患者服用西咪替丁后可能出现腹泻、便秘、口干、血清氨基转移酶轻度升高等消化系统反应。其中，腹泻可能是由于西咪替丁影响了胃肠道的正常蠕动和消化液的分泌平衡。有研究显示，一定比例的患者在服用西咪替丁后会出现胃肠道蠕动节律改变，进而导致腹泻症状。而便秘可能与西咪替丁对胃肠道平滑肌的作用有关，影响了肠道的正常推进性运动。对于有胃肠道基础疾病的患者，如患有胃溃疡且同时存在胃肠动力障碍的患者，使用西咪替丁后消化系统副作用的表现可能会更加明显，需要密切观察胃肠道功能的变化。
2.特殊情况
罕见情况下可能出现胰腺炎。虽然西咪替丁导致胰腺炎的报道相对较少，但一旦发生后果较为严重。对于有胆道疾病史的患者，使用西咪替丁时发生胰腺炎的风险可能会升高，因为胆道疾病可能会影响胰腺的正常生理功能，而西咪替丁的使用可能会进一步干扰这种平衡。
三、血液系统方面
1.常见表现
西咪替丁可能引起可逆性中等程度的白细胞减少或粒细胞减少。其机制可能与西咪替丁影响骨髓造血细胞的代谢有关。有研究发现，部分患者在服用西咪替丁后，骨髓中的造血前体细胞受到影响，导致白细胞和粒细胞的生成减少。对于本身有血液系统疾病的患者，如再生障碍性贫血患者，使用西咪替丁后血液系统副作用的发生风险会显著增加，可能会加重血液系统的异常，需要谨慎使用并密切监测血常规。
还可能出现血小板减少、自身免疫性溶血性贫血等较少见的血液系统反应。血小板减少会导致患者凝血功能异常，增加出血的风险；自身免疫性溶血性贫血则是机体免疫系统错误地攻击自身的红细胞，导致贫血等一系列症状。
四、心血管系统方面
1.常见表现
偶见低血压、心悸等心血管系统反应。低血压可能是由于西咪替丁对血管平滑肌有一定的舒张作用，导致外周血管阻力降低，血压下降。心悸则可能与西咪替丁影响心脏的电生理活动有关。对于有心血管基础疾病的患者，如患有冠心病、高血压病的患者，使用西咪替丁后心血管系统副作用的发生风险会增加，可能会诱发心绞痛、心律失常等更严重的心血管事件，需要在用药过程中密切监测血压和心脏节律等情况。
五、内分泌和生殖系统方面
1.内分泌系统
西咪替丁具有抗雄激素作用，长期应用可能导致男性乳房发育、女性溢乳、性欲减退、阳痿、精子计数减少等。这是因为西咪替丁可以与雄激素受体结合，干扰雄激素的正常生理功能。对于有内分泌疾病的患者，如前列腺疾病患者或女性内分泌失调患者，使用西咪替丁后内分泌系统副作用的表现可能会更加复杂，需要综合评估用药的利弊。
2.生殖系统
对男性生殖系统的影响除了上述的精子计数减少等，还可能影响生殖功能的其他方面；对女性生殖系统可能影响月经周期等。例如，有研究发现部分女性患者在长期使用西咪替丁后出现月经周期紊乱的情况，这可能与西咪替丁对内分泌系统的干扰进而影响了下丘脑-垂体-性腺轴的正常功能有关。
六、其他方面
1.过敏反应
少数患者可能出现皮疹、瘙痒等过敏反应。严重的过敏反应如过敏性休克虽然罕见，但一旦发生可危及生命。对于有药物过敏史的患者，使用西咪替丁时发生过敏反应的风险明显增加，在用药前需要详细询问患者的过敏史，并在用药过程中密切观察患者是否出现过敏相关症状。
还有可能出现面部潮红等不太典型的过敏表现。
