咽峡炎的潜伏期因病原体类型和个体差异而异，通常为1至3天，但也可能短至数小时或长达数周。
病毒性咽峡炎，如由柯萨奇病毒或肠道病毒引起，潜伏期一般为2至4天，患者可能先感到咽部轻微不适，随后症状逐渐加重，出现咽痛、发热等。细菌性咽峡炎，如由链球菌感染导致，潜伏期相对较短，通常为1至3天，患者可能突然出现咽痛、吞咽困难、发热等症状。支原体咽峡炎潜伏期较长，可达2至3周，患者在潜伏期内可能仅有轻微咳嗽、乏力等不适。
此外，樊尚咽峡炎潜伏期约为6至7天，而由EB病毒引起的传染性单核细胞增多症性咽峡炎，潜伏期可能长达4至7周。在潜伏期内，患者可能无明显症状，但病毒或细菌已在体内繁殖，具有传染性。
