间质性肺炎可由多种致病菌引起，包括流感病毒、巨细胞病毒（CMV）、肺炎支原体、肺炎衣原体、肺孢子菌等。
1.流感病毒
甲型、乙型流感病毒均可引起间质性肺炎，尤其在儿童、老年人或有基础疾病的人群中更易感染。流感病毒感染后，可直接侵犯肺部组织，引发间质性炎症反应。
2.巨细胞病毒（CMV）
免疫功能低下人群，如器官移植受者、艾滋病患者等易受CMV感染并引发间质性肺炎。CMV可在宿主细胞内长期潜伏，当机体免疫功能下降时激活，侵犯肺间质，导致炎症损伤。在器官移植后，CMV感染引发的间质性肺炎是常见的并发症之一，严重影响患者预后。
3.肺炎支原体
是儿童和青少年间质性肺炎的常见病原体之一。肺炎支原体感染人体后，主要侵犯呼吸道和肺部间质，引发免疫反应导致间质性炎症。肺炎支原体肺炎在社区获得性肺炎中占比较高，其中部分患者表现为间质性肺炎的影像学改变，患者多有咳嗽，可为刺激性干咳等表现。
4.肺炎衣原体
也可引起间质性肺炎，感染后潜伏期较长，起病相对隐匿。肺炎衣原体感染可导致呼吸道黏膜的间质性炎症，在一些社区获得性肺炎病例中，肺炎衣原体是重要的致病原之一，尤其在一些反复呼吸道感染的患者中需要考虑肺炎衣原体感染的可能。
5.肺孢子菌
主要见于免疫功能缺陷者，如艾滋病患者、长期使用免疫抑制剂的患者等。肺孢子菌感染肺部后，侵犯肺间质和肺泡腔，导致间质性肺炎。在艾滋病患者中，肺孢子菌肺炎是常见的机会性感染，发病率较高，是艾滋病患者的主要致死原因之一。
不同致病菌引起的间质性肺炎在临床表现、影像学特点等方面可能有一定差异，但确诊需要结合临床症状、实验室检查（如病原学检测、血清学检查等）以及影像学等综合判断。
