原发性肠系膜肿瘤病因尚未完全明确，目前研究提示可能与胚胎发育异常、遗传因素、慢性炎症刺激及环境因素等相关。
胚胎发育异常因素：肠系膜组织在胚胎期分化过程中若出现发育停滞或异常增殖，可能形成肿瘤性病变，如先天性肠系膜畸胎瘤（含多种组织成分）或肠源性囊肿，此类病变多在儿童期或青少年期被发现。
遗传因素：部分遗传性疾病综合征可能增加患病风险，例如家族性腺瘤性息肉病（FAP）患者常伴随胃肠道多发肿瘤，包括肠系膜肿瘤；遗传性非息肉病性结直肠癌（HNPCC）也可能与肠系膜肿瘤发病相关，有家族肿瘤史者建议进行基因咨询明确个体风险。
慢性炎症刺激：长期慢性肠道炎症（如克罗恩病、溃疡性结肠炎）患者，炎症持续刺激肠系膜组织，可能导致局部细胞异常增殖，形成炎性息肉或肿瘤，临床观察显示此类患者肠系膜肿瘤发生率较普通人群升高约2-3倍。
环境与生活方式因素：目前证据有限，但长期接触某些化学致癌物（如石棉、亚硝胺类物质）或电离辐射暴露可能增加风险；高脂、低纤维饮食可能通过肠道菌群改变间接影响肠系膜组织微环境，增加肿瘤发生几率。
特殊人群提示：儿童患者需警惕先天性胚胎性肿瘤，成人患者若有慢性炎症病史需加强腹部影像学监测，有家族肿瘤史者应定期进行肠道肿瘤筛查，以早期发现异常病变。
