自闭症发病受遗传、神经生物学、环境、免疫及其他因素影响，遗传方面同卵双胞胎自闭症共患率高且基因变异会干扰大脑神经发育相关通路，神经生物学上大脑结构（如额叶、颞叶、杏仁核等区域体积、神经元迁移分化连接等异常）和功能异常与之紧密相连，孕期有感染病毒、接触有害物质、遭受严重精神压力等情况会增加胎儿患病风险，出生后缺乏丰富环境刺激、不良家庭养育方式等相关，免疫因素表现为患儿免疫功能异常且调节失衡影响神经突触等，胎儿期营养缺乏及出生时早产、低出生体重等并发症也会提高自闭症发病几率
一、遗传因素
大量遗传学研究证实遗传在自闭症发病中起关键作用。同卵双胞胎自闭症共患率可达60%-90%，而普通人群双胞胎自闭症共患率仅2%-10%，这表明基因遗传是重要风险因素。多个基因的突变或拷贝数变异等遗传改变会影响大脑神经发育相关通路，例如某些与神经细胞连接、信号传导相关的基因发生变异，就可能干扰大脑正常发育，使得个体出现自闭症症状。
二、神经生物学因素
大脑结构和功能异常与自闭症发病紧密相连。在大脑结构方面，自闭症患儿额叶、颞叶、杏仁核等区域存在体积变化，神经元迁移、分化和连接异常。以额叶为例，额叶发育异常会影响患儿社会交往和语言功能，因为额叶在社会认知、语言表达等高级神经活动中发挥重要作用；颞叶异常会干扰对声音、语言等信息的处理，进而影响语言理解和表达；杏仁核异常则会导致社交情感互动障碍，因为杏仁核在社交情感的感知和反应中起关键作用。
三、环境因素
（一）孕期环境因素
母亲孕期感染病毒（如风疹病毒）、接触有害物质（像铅等）以及遭受严重精神压力等，都会增加胎儿患自闭症风险。比如母亲孕期感染风疹病毒，病毒可能通过胎盘影响胎儿大脑神经发育，干扰神经元的正常形成和连接，从而提高孩子患自闭症的几率；孕期接触铅等有害物质，会破坏胎儿神经系统发育的内环境，导致神经发育异常。
（二）出生后环境因素
婴儿早期缺乏丰富环境刺激、不良家庭养育方式等也与自闭症发病相关。家庭中父母与孩子互动较少、沟通方式单一，会使孩子缺乏正常的社会互动学习机会，不利于神经心理的正常发育，进而增加自闭症发病可能性。
四、免疫因素
自闭症患儿存在免疫功能异常。体内某些细胞因子水平异常，免疫系统对大脑神经发育相关过程调节失衡，影响神经突触形成、神经递质平衡等。例如，免疫调节异常可能导致神经突触发育障碍，使得神经信号传递出现问题，最终引发自闭症相关的社交、语言等方面的症状。
五、其他因素
胎儿期营养状况与自闭症发病有关，母亲孕期营养缺乏会影响胎儿大脑发育。出生时的并发症，如早产、低出生体重等，也会增加自闭症发病风险。早产儿神经系统发育不成熟，更容易出现神经发育异常，从而提高患自闭症的概率。
