体格检查包含外生殖器检查观察阴茎、阴囊、睾丸等情况及肛门指诊查前列腺；实验室检查有精液常规查精液量、颜色等评估生育力，血液生化检查的性激素检查看性激素水平及前列腺特异性抗原检查辅助前列腺疾病诊断；影像学检查有阴囊超声看睾丸等结构、前列腺超声看前列腺情况、CT检查复杂生殖系统疾病、MRI检查软组织分辨率高；尿道镜检查可直接观察尿道内情况。
外生殖器检查：观察阴茎的大小、形态、有无畸形、包皮情况（如包皮过长、包茎等），检查阴囊的外观、有无鞘膜积液、精索静脉曲张等情况，触摸睾丸的大小、质地、有无压痛，附睾的情况等。例如正常睾丸一般左右对称，质地中等。对于儿童，要关注外生殖器的发育是否符合相应年龄阶段的正常标准，若存在异常可能提示内分泌等方面的问题。
肛门指诊：男性科中肛门指诊主要是检查前列腺。通过肛门指诊可以了解前列腺的大小、质地、有无结节、压痛等情况。正常前列腺大小约为4cm×3cm×2cm，质地韧。对于老年男性，肛门指诊有助于初步筛查前列腺疾病，如前列腺增生、前列腺癌等。
实验室检查
精液常规检查：这是男性科常见的检查项目。需要患者通过手淫的方式采集精液，然后检测精液的量、颜色、酸碱度、精子密度、精子活力（包括前向运动精子的比例等）、精子形态等指标。精液量正常范围一般在2-6ml，精子密度正常应大于15×10/ml，精子活力中前向运动精子（a级+b级）应大于32%，正常形态精子应大于4%。精液常规检查可以评估男性的生育能力，对于不育症的诊断有重要意义。不同年龄阶段的男性，精液常规指标可能会有一定差异，一般随着年龄增长，精子质量可能会有下降趋势。
血液生化检查
性激素检查：包括睾酮、雌二醇、促卵泡生成素（FSH）、促黄体生成素（LH）等。睾酮是男性主要的雄激素，正常成年男性血清睾酮浓度一般在14-25.4nmol/L。性激素水平异常可能导致性功能障碍、不育等问题。例如睾酮水平降低可能引起性欲减退、勃起功能障碍等。不同年龄阶段男性的性激素水平有正常范围，儿童期性激素水平较低，青春期后逐渐升高并维持相对稳定的水平。
前列腺特异性抗原（PSA）检查：分为总PSA（t-PSA）和游离PSA（f-PSA）。t-PSA的正常参考值一般在0-4ng/ml，f-PSA/t-PSA比值正常应大于0.16。PSA主要用于前列腺疾病的辅助诊断，尤其是前列腺癌的筛查。但一些因素可能影响PSA水平，如前列腺炎、前列腺按摩等，在检查前应避免这些影响因素。对于老年男性，定期进行PSA检查有助于早期发现前列腺癌。
影像学检查
超声检查
阴囊超声：可以清晰显示睾丸、附睾、精索静脉等结构。对于睾丸疾病，如睾丸肿瘤、睾丸附睾炎等有重要诊断价值。例如睾丸肿瘤在超声下多表现为实性低回声结节；精索静脉曲张在超声下可观察到精索静脉迂曲扩张，内径大于2mm等。儿童阴囊超声检查需注意避免不必要的辐射，操作时要轻柔，以减少对儿童的影响。
前列腺超声：能观察前列腺的大小、形态、内部回声等情况。对于前列腺增生可以测量前列腺的体积，正常前列腺体积一般小于20ml；对于前列腺癌可以发现前列腺内的异常回声结节等。经直肠前列腺超声对于前列腺疾病的诊断准确性相对较高，但检查前需做好肠道准备，避免引起患者不适。
CT检查：对于一些复杂的男性生殖系统疾病，如睾丸、前列腺等部位的肿瘤，CT检查可以更清晰地显示病变与周围组织的关系，有助于肿瘤的分期等。例如CT可以发现前列腺癌是否有盆腔淋巴结转移等情况。但CT检查有一定辐射，一般不作为首选检查，尤其是对于儿童等对辐射敏感的人群，需谨慎选择。
MRI检查：在男性生殖系统疾病诊断中也有重要作用，对于软组织的分辨率较高。例如对于前列腺癌的诊断，MRI可以更准确地判断肿瘤侵犯的范围等情况。MRI检查无辐射，但检查时间相对较长，对于一些不配合的患者可能需要镇静等处理。
尿道镜检查
尿道镜检查可以直接观察尿道内的情况，如有无尿道狭窄、尿道结石、尿道肿瘤等病变。检查时患者可能会有一定的不适感，检查前需进行局部麻醉等准备。对于有尿道狭窄病史的患者，尿道镜检查可以明确狭窄的部位和程度等。
