尼帕病毒的自然宿主为狐蝠科果蝠，这类蝙蝠广泛分布于南亚、东南亚及澳大利亚的热带雨林与人类聚居区。
作为移动病毒库，果蝠可长期携带尼帕病毒却不发病，通过唾液、尿液、粪便持续排毒，形成病毒传播链的关键源头。果蝠的栖息地与人类活动高度重叠，其污染的水果、水源成为病毒外溢的主要媒介。例如，马来西亚疫情中，果蝠污染的椰枣汁导致猪群感染，进而引发人类疫情。
果蝠作为自然宿主，其生态分布与人类活动模式共同决定了尼帕病毒的传播风险。防控需从减少果蝠接触人类食物链、加强动物监测等环节入手，以降低病毒跨物种传播概率。
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