尼帕病毒的来源地主要集中在东南亚和南亚地区，尤其是马来西亚、孟加拉国和印度。
1998年，该病毒首次在马来西亚森美兰州双溪尼帕的猪场被发现并因此得名，疫情主要影响养猪户和与感染猪只密切接触的人员。此后，孟加拉国几乎每年都会报告尼帕病毒疫情，印度也时有发生，病例集中于西孟加拉邦和喀拉拉邦等地。果蝠是尼帕病毒的天然宿主，其分布范围广泛，从马达加斯加到澳大利亚均有栖息，但病毒传播热点与人类活动密集区高度重叠。
人类活动加剧了病毒跨物种传播风险，接触受污染的动物分泌物、食用未煮熟的动物产品或饮用被污染的生椰枣汁，均可能导致感染。
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