尼帕病毒感染的鉴别诊断包括与流感鉴别、与其他病毒性脑炎鉴别、与细菌性脑膜炎鉴别等。
1.与流感鉴别
尼帕病毒感染初期症状与流感相似，均有发热、头痛、肌肉酸痛等。但尼帕病毒患者病情进展快，数日内会出现意识障碍、抽搐等神经系统症状，而流感通常无此表现。
2.与其他病毒性脑炎鉴别
如单纯疱疹病毒脑炎、日本脑炎等，在神经系统症状上与尼帕病毒脑炎相似。不过，尼帕病毒感染必有特定动物接触史或疫区暴露史，这是关键鉴别点。
3.与细菌性脑膜炎鉴别
细菌性脑膜炎患者脑脊液检查呈化脓性改变，病原学检测可发现细菌，且无尼帕病毒的特异性抗体或核酸证据。
