尼帕病毒的自然宿主是果蝠，尤其是狐蝠科中的特定种类。
这类蝙蝠广泛分布于从马达加斯加到澳大利亚的广阔区域，包括中国南方部分地区。果蝠感染尼帕病毒后通常不会出现明显症状，但能长期携带病毒，并通过尿液、唾液或粪便等分泌物污染环境。果蝠通过多种途径传播病毒，它们污染的水果、水源等被人类或其他动物食用或接触后，可能引发感染。此外，果蝠与家畜如猪的接触也是病毒传播的重要环节，猪感染后可进一步将病毒传播给人类。
由于果蝠分布广泛且活动范围大，病毒传播风险难以完全控制。因此，避免接触果蝠及其分泌物、污染的食物和水源，是预防尼帕病毒感染的关键措施。
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