尼帕病毒感染的中医辨证论治需要根据其分期与动态调整，例如初期邪犯卫气、极期气营两燔、恢复期气阴两伤等。
1.初期邪犯卫气
此阶段相当于感染早期。症见发热头痛、肌肉酸痛，或伴有恶心呕吐。治以清热解毒、透表祛湿为主。常用方剂如银翘散合藿朴夏苓汤加减，用药须遵医嘱。
2.极期气营两燔
此阶段相当于重症脑炎期。症见高热不退、意识模糊、嗜睡甚至抽搐。治以清气凉营、开窍息风为要。方剂可选用清瘟败毒饮合安宫牛黄丸加减，此阶段用药尤为关键，必须严格遵医嘱。
3.恢复期气阴两伤
此阶段相当于恢复期或后遗症期。症见低热、乏力、口干、心神不宁。治宜益气养阴、清透余热。方剂可用竹叶石膏汤或青蒿鳖甲汤加减，仍需遵医嘱调理。
