丙肝和乙肝的危险程度需根据病情发展阶段判断，无法简单判定哪个更危险。
乙肝可能导致更严重的急性肝损伤，病毒复制活跃时可能引发急性肝炎，出现黄疸、乏力、食欲下降等症状，严重时可导致肝衰竭。部分患者免疫系统无法有效清除病毒，会发展为慢性乙肝，长期炎症可能引起肝纤维化，甚至肝癌。婴幼儿感染乙肝后慢性化概率较高。
丙肝感染初期症状隐匿，但慢性化概率显著高于乙肝，约半数以上感染者会发展为慢性丙肝。丙肝病毒直接损害肝细胞，促进纤维组织增生，经过10-20年可能形成肝硬化，肝硬化患者可能出现腹水、食管静脉曲张等并发症。丙肝病毒某些基因型致癌性较强，与肝癌发生关系密切。
目前乙肝疫苗已普及，可有效预防感染；而丙肝尚无有效疫苗，但可通过抗病毒药物实现治愈。无论感染乙肝还是丙肝病毒，都需定期监测肝功能指标和病毒载量，及时治疗以避免病情恶化。
