高强度间歇训练有关节损伤风险增加如使膝关节软骨磨损风险高及加重既往损伤，有心血管系统潜在风险如让心血管基础疾病人群血压波动等、健康人群易不适，有肌肉骨骼疲劳与损伤风险如致肌肉疲劳拉伤等及影响年龄大人群日常活动和引发姿势异常损伤，有过度训练综合征风险如长期无合理休息恢复会出现相关症状且对青少年骨骼生长发育、女性特殊时期健康有影响。
一、关节损伤风险增加
高强度间歇训练中包含大量的快速移动、跳跃等动作，对关节的冲击力较大。例如膝关节，在进行高强度间歇训练时，膝关节需要承受身体重量以及运动产生的惯性力等。研究表明，长期进行高强度间歇训练的人群，膝关节软骨磨损的风险比一般人群高。对于有既往膝关节损伤病史的人群，如曾有过韧带拉伤等情况，高强度间歇训练可能会加重关节损伤，导致疼痛、肿胀等症状复发，影响关节的正常功能。
二、心血管系统潜在风险
高强度间歇训练会使心率急剧升高，心脏需要在短时间内泵出大量血液以满足身体的需求。对于本身有心血管基础疾病的人群，如高血压患者，高强度间歇训练可能导致血压大幅波动，增加心肌缺血、心律失常等心血管事件的发生风险。健康人群在进行高强度间歇训练时，如果运动强度把握不当，也可能出现心悸、胸闷等不适症状，这是因为心脏在高强度负荷下可能无法及时适应，导致心脏功能暂时失调。
三、肌肉骨骼疲劳与损伤
高强度间歇训练会使肌肉在短时间内承受极大的负荷，容易引起肌肉疲劳。过度疲劳的肌肉可能会出现拉伤、痉挛等情况。比如腿部肌肉，在进行反复的高强度蹬踏等动作后，容易发生肌肉拉伤。对于年龄较大的人群，肌肉的恢复能力相对较弱，长时间进行高强度间歇训练后，肌肉疲劳恢复时间延长，可能会影响日常活动能力。而且，肌肉骨骼的疲劳还可能导致身体姿势异常，进一步引发其他部位的损伤。
四、过度训练综合征风险
如果长期进行高强度间歇训练且没有合理的休息和恢复，容易引发过度训练综合征。表现为疲劳感持续加重、运动成绩下降、睡眠质量变差、情绪低落等。青少年正处于身体发育阶段，过度进行高强度间歇训练可能会影响骨骼的正常生长发育，因为高强度训练带来的身体应激可能干扰激素平衡等，不利于骨骼的健康成长。而对于女性，在生理期等特殊时期，身体的承受能力下降，进行高强度间歇训练更容易陷入过度训练的状态，影响身体健康。
