先天性免疫缺陷病由遗传因素基因缺陷致免疫细胞发育分化或功能异常引发，胚胎发育过程异常如造血干细胞迁移分化差错、母体孕期不良生活方式如吸烟酗酒及自身免疫病等、早产儿免疫系统发育滞后等均可影响致其发生。
先天性免疫缺陷病的发生与遗传因素密切相关。许多先天性免疫缺陷病是由于基因缺陷所引起。例如，重症联合免疫缺陷病（SCID）中的一些亚型是由位于X染色体上的γ链（commonγchain，γc）基因缺陷导致，这是一种X连锁隐性遗传病，男性患儿更容易发病，因为男性只有一条X染色体，只要该基因发生突变就会发病；还有腺苷脱氨酶（ADA）缺乏引起的SCID是常染色体隐性遗传病，患儿父母双方均携带致病基因，子代有一定概率继承两个致病基因而发病。基因的缺陷会影响免疫细胞的发育、分化或功能，使得免疫系统无法正常发挥作用，从而引发先天性免疫缺陷病。
胚胎发育过程异常导致先天性免疫缺陷病
在胚胎发育时期，如果出现异常也可能导致先天性免疫缺陷病。例如，在胚胎期，造血干细胞的发育、迁移等过程受到干扰，会影响免疫细胞的产生。正常情况下，造血干细胞会迁移到特定部位进行分化和发育，形成各种免疫细胞。如果胚胎发育过程中，这种迁移或分化的过程出现差错，就可能导致免疫细胞数量不足或功能异常。比如，胚胎期胸腺发育不全等情况，会影响T淋巴细胞的成熟，进而导致细胞免疫功能缺陷，引发相关的先天性免疫缺陷病。不同的胚胎发育阶段受到不同因素影响，如母体在妊娠早期感染某些特殊病毒，可能干扰胚胎的正常发育过程，增加胎儿患先天性免疫缺陷病的风险。
其他因素对先天性免疫缺陷病的影响
母亲在孕期的一些不良生活方式也可能对胎儿免疫功能产生影响。例如，孕期大量吸烟、酗酒等，烟草中的有害物质和酒精等可能通过胎盘影响胎儿的免疫器官发育和免疫细胞的功能。另外，母亲患有某些自身免疫性疾病等情况，也可能在孕期影响胎儿的免疫相关发育。对于特殊人群如早产儿，由于其在母体内发育尚未完全成熟，免疫系统的发育也相对滞后，相比足月儿更容易出现免疫功能不完善的情况，在一定程度上也可能增加先天性免疫缺陷病相关问题的发生风险，但这与先天性免疫缺陷病的直接病因不同，不过也是需要考虑的影响因素之一。
