真菌感染受宿主因素和真菌传播途径及环境因素影响，宿主方面婴幼儿和老年人因免疫问题易感染，患基础疾病、用激素类等药物及皮肤黏膜屏障受损者也易感染；传播途径及环境方面包括外源性真菌侵入（接触污染环境、物品或医院污染环境）和内源性真菌移位（体内条件致病性真菌在免疫下降等时移位）。
年龄方面：婴幼儿免疫系统尚不完善，如早产儿、低出生体重儿等，其机体抵御真菌的能力较弱，更容易受到真菌感染；老年人随着年龄增长，免疫功能逐渐衰退，也较易发生真菌感染。例如，有研究发现老年住院患者真菌感染的发生率相对较高。
基础疾病影响：患有糖尿病等基础疾病的患者，高血糖环境适合真菌生长繁殖，且这类患者往往存在免疫功能异常，增加了真菌感染的风险；艾滋病患者由于免疫系统严重受损，是真菌感染的高危人群，常见的有肺孢子菌肺炎等真菌感染；长期使用糖皮质激素、免疫抑制剂的患者，其机体免疫功能被抑制，使得真菌容易侵入人体并致病，比如器官移植术后患者因需要长期使用免疫抑制剂，真菌感染的概率明显增加。
皮肤黏膜屏障受损：皮肤黏膜是人体抵御真菌的第一道防线，当皮肤出现破损，如烧伤、创伤等情况时，真菌容易通过破损处侵入人体；口腔、阴道等黏膜部位发生炎症、溃疡等损伤时，也为真菌的定植和感染创造了条件，像长期佩戴正畸矫治器的患者可能出现口腔黏膜局部环境改变，增加白色念珠菌感染的几率。
真菌传播途径及环境因素
外源性真菌侵入：接触被真菌污染的环境，比如在潮湿、阴暗且通风不良的环境中，某些条件致病性真菌容易滋生，人若长时间处于这样的环境中，就可能通过呼吸道吸入真菌孢子等而引发感染，例如曲霉菌常存在于发霉的谷物、土壤等环境中，长期接触此类环境的人群易感染曲霉菌；接触被真菌污染的物品，如被真菌感染的宠物（如猫、狗等）的皮毛上可能携带真菌，人接触后可能感染皮肤真菌；医院内的环境如空气、医疗器械等若被真菌污染，免疫功能低下的患者在医院内就有较高的暴露于真菌的风险，比如使用被真菌污染的呼吸机等医疗器械可能导致肺部真菌感染。
内源性真菌移位：人体体内本身存在一些条件致病性真菌，如口腔、肠道、阴道等部位正常定植的真菌，在机体免疫功能下降、局部微生态平衡被打破时，真菌可移位至其他部位引发感染。例如，长期使用广谱抗生素的患者，肠道内正常菌群被抑制，真菌过度生长并移位至血液等部位，导致侵袭性真菌感染。
