微创手术虽在创伤控制、术后恢复等方面优势显著，但临床实践中仍存在以下主要缺点：
- 操作视野与精度限制：腹腔镜等微创手术依赖光学成像和器械操作空间，复杂解剖区域（如粘连严重、血管密集部位）的暴露受限，老年患者因组织萎缩、器官位置变异，更易影响视野判断；糖尿病患者血管脆性增加，术中出血、邻近器官损伤风险升高。临床研究表明，粘连分离过程中腹腔镜手术的中转开腹率较开放手术高约15%~20%，部分复杂术式（如胃癌根治术）中淋巴结清扫范围的精度差异仍有争议。
- 复杂病例处理能力局限：对于肿瘤体积＞5cm、侵犯重要结构（如大血管、神经）的病例，微创手术暴露困难可能导致肿瘤切除不完整；肥胖患者（BMI＞30）皮下脂肪与内脏堆积增加穿刺难度和手术时间，术后感染风险较普通患者高约2~3倍。部分研究显示，腹腔镜手术在处理晚期卵巢癌等复杂肿瘤时，术中残留率可能高于开放手术。
- 特殊并发症风险：CO2气腹可引发皮下气肿（发生率约3%~5%）、高碳酸血症（老年患者呼吸储备下降时更显著）；腹腔镜缝合技术要求高，小血管结扎不牢可能导致术后迟发性出血。设备故障（如摄像头失灵、气腹机故障）可中断手术，延长操作时间，增加患者应激反应。
- 术后恢复与疼痛管理差异：内脏牵拉引起的术后疼痛可能更显著，疼痛敏感人群（如既往慢性疼痛史患者）需更强效镇痛药物，增加恶心呕吐等不良反应风险。糖尿病患者因神经病变可能延迟疼痛感知，早期活动不足易致深静脉血栓；青少年患者对疼痛耐受度低，可能影响康复锻炼依从性。
- 设备与经济成本限制：腹腔镜系统购置及维护成本为传统器械的3~5倍，基层医疗机构普及率低。单孔腹腔镜等高端术式对设备要求更高，偏远地区患者可能因医疗资源分配不均无法获得最优术式。
