左旋肉碱常见副作用有胃肠道方面部分人会出现不适且空腹大量服用或本身有胃肠道基础疾病者风险增加、神经系统方面少数人可能出现头痛头晕且有神经系统基础疾病者风险升高、心血管系统方面个别情况下可能影响出现心悸且有心血管疾病者需谨慎使用、其他方面有口干乏力等不太常见副作用儿童因系统发育未全需特慎孕妇哺乳期女性因研究不充分需咨询医生权衡利弊。
胃肠道方面
部分人服用左旋肉碱后可能出现胃肠道不适症状，如恶心、呕吐、腹痛、腹泻等。有研究表明，大约有3%-5%的使用者会出现不同程度的胃肠道反应，这可能与左旋肉碱对胃肠道黏膜的刺激有关，尤其是在空腹大量服用时更容易发生。对于本身就有胃肠道基础疾病的人群，如胃炎、胃溃疡患者，服用后胃肠道不适的风险可能会增加，因为他们的胃肠道黏膜相对脆弱，更易受到药物的刺激。
神经系统方面
少数人可能出现头痛、头晕等神经系统症状。虽然发生率相对较低，但也有相关报道提及。一般来说，这些症状通常较为轻微，停药后可逐渐缓解。不过对于有神经系统基础疾病的人群，如偏头痛患者，服用左旋肉碱后头痛加重的风险可能会升高，需要密切关注自身症状变化。
心血管系统方面
个别情况下可能会影响心血管系统，出现心悸等症状。不过这种情况比较罕见，通常在正常剂量服用时发生概率较低。但对于本身有心血管疾病的人群，如心律失常患者，服用左旋肉碱可能会对心脏节律产生一定影响，需要在医生指导下谨慎使用，因为他们的心血管系统耐受性较差，药物可能会引发更严重的心血管事件。
其他方面
还有可能出现口干、乏力等不太常见的副作用。对于儿童群体，由于其身体各个系统发育尚未完全成熟，服用左旋肉碱后出现副作用的风险和表现可能与成人有所不同，需要特别谨慎。一般不建议低龄儿童随意服用左旋肉碱，因为其安全性和有效性在儿童人群中的研究相对有限，且儿童的身体代谢特点与成人不同，更容易受到药物副作用的影响。而对于孕妇和哺乳期女性，目前关于左旋肉碱对她们和胎儿、婴儿的影响研究还不够充分，所以这类特殊人群在考虑服用左旋肉碱时，必须咨询医生，权衡利弊后再做决定，因为任何药物都可能通过胎盘或乳汁影响到胎儿或婴儿的健康。
