器质性病变可由遗传因素（基因缺陷或染色体异常引发相关疾病）、感染因素（不同病原体感染特定组织器官致器质性问题）、外伤因素（直接造成身体部位组织器官物理性结构破坏）、环境因素（长期接触有害因素渐损组织器官功能）、代谢因素（代谢紊乱破坏平衡致组织器官器质性损害）、免疫因素（自身免疫病致免疫系统攻击自身组织引发器质性结构与功能异常）等多种因素引发，遗传因素致基因层面机体可能现器质性结构或功能异常，感染因素不同病原体感染特定组织器官致器质性问题，外伤因素直接使身体部位组织器官受物理性结构破坏，环境因素经持续接触有害因素渐损组织器官功能，代谢因素代谢紊乱破坏机体正常生理平衡致组织器官器质性损害，免疫因素自身免疫病致免疫系统攻击自身组织器官引发器质性结构与功能异常。
一、遗传因素
某些遗传性疾病由基因缺陷或染色体异常引发，例如遗传性球形红细胞增多症因红细胞膜蛋白基因缺陷，致使红细胞结构与功能异常，出现溶血性贫血等相关器质性病变表现，家族有遗传病史者患遗传性器质性疾病风险相对升高，基因层面决定机体可能出现器质性结构或功能异常。
二、感染因素
病毒感染如乙肝病毒持续感染，于肝细胞内复制损伤肝细胞，长期发展可致肝组织纤维化、肝硬化等器质性改变；细菌感染像结核分枝杆菌感染肺部，会引发肺部结核病灶，破坏肺正常结构，造成器质性损伤，不同病原体感染特定组织器官，或直接损伤细胞，或通过免疫反应间接损伤组织，终致器质性问题。
三、外伤因素
头部受严重外伤时，可致颅骨骨折、脑挫裂伤等，破坏脑部组织结构，出现头痛、意识障碍等脑部器质性损伤相关症状；肢体骨折后骨折端移位影响骨骼正常结构与功能，恢复不当可致骨畸形愈合等器质性问题，外伤直接使身体部位组织器官受物理性结构破坏。
四、环境因素
长期处于含高浓度重金属（如铅、汞）环境，重金属在体内蓄积损伤肾脏、神经系统等，肾脏现肾小管损伤等器质性改变，神经系统有神经细胞变性等器质性损伤；长期暴露于污染空气，吸入颗粒物等污染物沉积呼吸道，引发慢性炎症致气道结构改变，出现慢性阻塞性肺疾病等器质性肺部病变表现，环境有害因素经持续接触入机体，渐损组织器官功能。
五、代谢因素
糖尿病患者血糖长期控制不佳，高血糖致血管内皮损伤，引起视网膜微血管病变，出现视网膜出血、水肿甚至失明等器质性改变；甲状腺功能亢进时甲状腺激素过度分泌，影响心脏结构致心肌肥厚等器质性心脏病变，代谢紊乱破坏机体正常生理平衡，对组织器官造成器质性损害。
六、免疫因素
自身免疫性疾病如系统性红斑狼疮，机体免疫系统错误攻击自身组织，累及肾脏致肾小球基底膜损伤，出现蛋白尿、肾功能异常等肾脏器质性病变；类风湿关节炎患者免疫系统攻击关节滑膜，引起滑膜增生、关节软骨破坏等，致关节畸形等器质性改变，免疫功能紊乱使免疫系统攻击自身组织器官，引发器质性结构与功能异常。
