骨胶原一般副作用危害较小但可能有过敏反应（部分人可能过敏，过敏体质者需谨慎）、胃肠道不适（过量摄入可能致恶心呕吐腹痛腹泻，胃肠弱人群风险高）、与药物相互作用（虽研究有限但理论上可能影响药物，服药者用前应咨询医生），特殊人群需特注意，儿童不建议随意用，孕妇哺乳期女性用前应谨慎咨询医生，有自身免疫性疾病人群用前需咨询相关专科医生判断是否适合及风险获益。
过敏反应：部分人群可能对骨胶原过敏，过敏反应的严重程度因人而异，轻度可能表现为皮肤瘙痒、皮疹等，重度可能出现呼吸困难、过敏性休克等危及生命的情况。例如有研究表明，约0.5%-1%的人群在接触或摄入骨胶原相关产品后可能发生过敏反应，但具体发生率因个体差异和产品纯度等因素有所不同。对于有过敏体质的人群，使用含骨胶原的产品时需要格外谨慎，在使用前可进行小面积皮肤测试或咨询医生。
胃肠道不适：过量摄入骨胶原可能会引起胃肠道不适，如恶心、呕吐、腹痛、腹泻等症状。这是因为胃肠道对过量的外来蛋白质成分的消化和吸收可能会超出其正常负荷，从而引发胃肠道的应激反应。一般正常剂量下发生概率相对较低，但如果本身胃肠道功能较弱的人群，如患有慢性胃炎、胃溃疡等疾病的患者，过量摄入骨胶原后发生胃肠道不适的风险可能会增加。
与药物相互作用：目前虽然相关研究相对有限，但理论上骨胶原可能与某些药物发生相互作用。例如，骨胶原可能会影响某些药物的吸收、分布、代谢或排泄。如果正在服用其他药物的人群使用骨胶原产品，需要密切关注是否出现药物相互作用相关的异常情况。比如正在服用抗凝药物的人群，若同时摄入骨胶原，可能需要考虑对凝血功能的潜在影响，但具体的相互作用机制和临床证据还需要进一步深入研究来明确。对于正在接受药物治疗的患者，在使用骨胶原相关产品前应咨询医生，以评估可能存在的药物相互作用风险。
特殊人群需特别注意
儿童：儿童处于生长发育阶段，其身体的生理功能和代谢途径与成人有所不同。目前关于儿童使用骨胶原产品的安全性和有效性的研究相对较少，一般不建议儿童随意使用骨胶原相关补充剂等产品。因为儿童的消化系统、免疫系统等尚未完全成熟，过早或不恰当使用骨胶原可能会对其正常的生长发育产生未知的影响。
孕妇和哺乳期女性：孕妇和哺乳期女性的身体处于特殊的生理状态，骨胶原的摄入对她们和胎儿、婴儿的影响尚不明确。为了确保母婴安全，孕妇和哺乳期女性在考虑使用骨胶原相关产品时应谨慎，最好在咨询医生后再做决定。医生会综合评估孕妇或哺乳期女性的具体健康状况、营养需求等多方面因素来给出专业建议。
有特定病史人群：患有自身免疫性疾病（如类风湿关节炎、系统性红斑狼疮等）的人群，由于自身免疫系统存在异常，使用骨胶原可能会刺激免疫系统，导致病情波动或加重。这类人群在使用骨胶原相关产品前必须咨询风湿免疫科等相关专科医生，由医生根据患者的具体病情来判断是否适合使用以及使用的风险和获益情况。
